结论：房东在承租人和营业执照登记人不是同一人的情况下，是有权起诉的，但具体起诉的对象和理由需根据实际情况确定。

分析：

1. 合同相对性原则：

   • 在租赁合同纠纷中，首先应遵循合同相对性原则。即合同是双方当事人之间设立、变更、终止民事关系的协议，合同效力仅及于合同双方。
   • 如果房东是与承租人签订的租赁合同，那么房东在合同履行过程中遇到问题，如租金未付、房屋损坏等，原则上应直接起诉承租人。

2. 营业执照登记人与承租人的关系：

   • 营业执照登记人并非租赁合同的直接当事人，除非其同时也是承租人或者与承租人存在某种法律关系（如代理、合伙等），否则房东不能直接起诉营业执照登记人。
   • 如果营业执照登记人实际使用了租赁房屋进行经营活动，但并未与房东签订租赁合同，房东可能需要通过其他途径（如证明实际使用关系、追偿权等）来维护自己的权益。

3. 可能的法律后果与建议：

   • 起诉承租人：如果承租人违反了租赁合同的约定，房东可以依据合同条款起诉承租人，要求其承担违约责任，如支付租金、赔偿损失等。
   • 起诉实际使用人（如营业执照登记人）：在特定情况下，如果房东能够证明营业执照登记人实际使用了租赁房屋，并且这种使用行为给房东造成了损失，房东可能可以依据相关法律规定（如侵权责任法）起诉实际使用人。但这种情况需要房东提供充分的证据来证明实际使用关系和损失情况。
   • 建议：房东在起诉前应仔细审查租赁合同和相关证据，确定起诉的对象和理由。如果情况复杂或不确定如何操作，建议咨询专业律师以获取更具体的法律建议。

4. 特殊情况考虑：

   • 如果承租人和营业执照登记人之间存在某种法律关系（如代理、合伙、分支机构等），并且这种关系影响了房东的权益，房东可能需要根据具体情况来调整起诉策略。
   • 例如，如果承租人是以营业执照登记人的名义进行经营活动，并且房东在签订合同时知道或应当知道这一情况，那么房东可能可以将营业执照登记人列为共同被告或第三人。

总结与进一步行动建议：

房东在承租人和营业执照登记人不是同一人的情况下，有权根据合同相对性原则起诉承租人。如果营业执照登记人实际使用了租赁房屋并给房东造成了损失，房东也可能在特定情况下起诉实际使用人。但具体起诉策略应根据实际情况和证据情况来确定。如果房东对此有疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询，我会根据具体情况提供更详细的法律建议。