在劳动关系中，继续履行合同与违约金是可以并用的。以下从法律规定、法理基础及实践应用三个层面进行详细分析：
法律规定层面
《民法典》的相关规定：
- 根据《中华人民共和国民法典》第五百七十七条，当事人一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定的，应当承担继续履行、采取补救措施或者赔偿损失等违约责任。这表明继续履行是违约责任的一种承担方式。
- 同时，《民法典》第五百八十五条第一款规定，当事人可以约定一方违约时应当根据违约情况向对方支付一定数额的违约金，也可以约定因违约产生的损失赔偿额的计算方法。这说明违约金也是法定的违约责任形式。
- 从上述法条可以看出，法律并未禁止继续履行和违约金同时适用，二者在法律规定的层面上是可以并存的。
《劳动合同法》的特别规定（虽未直接提及继续履行与违约金并用，但提供了相关背景）：
- 在劳动关系中，《劳动合同法》对违约金的设定有较为严格的限制，通常仅在服务期和竞业限制等特定情形下允许约定违约金。但这并不妨碍在符合这些特定情形时，继续履行合同与支付违约金的同时适用。
法理基础层面
不同责任形式的功能差异：
- 继续履行的功能是使合同恢复到正常履行的状态，实现合同的目的。它侧重于对合同实际履行的保障。
- 违约金的功能则主要是补偿性和惩罚性。补偿性体现在弥补守约方因违约行为所遭受的损失；惩罚性则是对违约方的违约行为进行制裁。
- 由于二者的功能不同，所以可以同时存在以全面保护守约方的合法权益。
意思自治原则的体现：
- 合同是当事人之间意思表示一致的产物。当事人在订立合同时，可以根据自身的需求和风险承受能力，自由约定违约责任的承担方式。如果当事人在合同中明确约定了在一方违约时，另一方既可以要求其继续履行合同，又可以要求其支付违约金，那么这种约定应当得到尊重和执行。
实践应用层面
常见案例类型：
- 在劳动关系中，若员工违反服务期约定或竞业限制约定，用人单位在要求员工继续履行相关义务的同时，可以依据合同约定要求员工支付违约金。
- 例如，员工与用人单位签订了服务期协议，约定在服务期内离职需支付违约金。若员工在服务期内未经允许离职，用人单位可以要求员工继续履行服务期（若可能且合理）或支付违约金（若继续履行已不可能或不合理）。
实际操作注意事项：
- 合理确定违约金数额：在确定违约金数额时，应综合考虑合同的履行情况、当事人的过错程度以及预期利益等因素。如果违约金过高或过低，当事人可以请求人民法院或仲裁机构予以调整。
- 证据收集与保存：在要求继续履行和支付违约金的过程中，当事人需要收集和保存相关的证据，以证明对方存在违约行为以及自己因此遭受的损失。这些证据可以包括合同文本、工作记录、沟通函件等。
总结与建议：
在劳动关系中，继续履行合同与违约金是可以并用的，但需符合法律规定的特定情形（如服务期和竞业限制等）。当事人在订立合同时，应明确约定违约责任的承担方式，并在违约发生时及时收集和保存相关证据。若遇到具体法律问题，建议直接向我咨询，以便根据具体情况提供更详细的法律建议。