在没有经过拆迁户本人同意的情况下，政府启动代抽选房程序一般是不合法的。以下从多个角度进行分析：

法律原则角度

根据《中华人民共和国民法典》中关于民事法律行为和物权保护的相关规定，公民的合法财产受法律保护，任何单位和个人不得侵犯。在拆迁过程中，拆迁户作为房屋的所有权人，享有对其房屋的处置权，包括选择安置方式、安置地点等。政府未经拆迁户同意，擅自启动代抽选房程序，可能侵犯了拆迁户的自主选择权，违反了法律原则。

法定程序角度

拆迁过程应当遵循法定程序，包括拆迁公告、拆迁补偿安置方案的制定与公布、与拆迁户协商补偿安置事宜、签订拆迁补偿安置协议等。在这些程序中，拆迁户的参与和同意是不可或缺的环节。如果政府未经拆迁户同意，直接启动代抽选房程序，可能跳过了必要的法定程序，导致拆迁行为的合法性受到质疑。

特殊情况分析

当然，也存在一些特殊情况，如拆迁户长期无法联系、拒绝配合拆迁工作等，可能导致政府在无法获得拆迁户明确同意的情况下，采取代抽选房等替代措施。但即便如此，政府也应当遵循法定程序，如通过公告、听证等方式充分保障拆迁户的知情权、参与权和申诉权，确保代抽选房程序的合法性和公正性。

法律后果与建议

如果政府未经拆迁户同意启动代抽选房程序，拆迁户有权依法维护自己的合法权益。他们可以向相关部门投诉、举报，要求政府撤销不当行为；也可以依法提起行政诉讼，要求法院确认政府的拆迁行为违法，并赔偿因此造成的损失。

建议：

1. 保留证据：拆迁户应当妥善保管与拆迁相关的所有文件和资料，包括拆迁公告、补偿安置方案、协商记录等，以备不时之需。
2. 及时咨询：如果拆迁户对政府的拆迁行为有疑问或不满，应当及时咨询专业律师，了解自己的权利和义务，以及维权途径和方式。
3. 依法维权：在律师的指导下，拆迁户可以依法向相关部门投诉、举报或提起行政诉讼，维护自己的合法权益。

总之，政府未经拆迁户同意启动代抽选房程序一般是不合法的。拆迁户应当了解自己的权利和义务，依法维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。