兽医站主任拿卖饲料回扣的行为可能涉及违法，需根据具体情况采取不同处理措施，具体分析如下：
从民事法律关系角度：
- 如果兽医站是独立法人单位，主任拿回扣的行为可能损害兽医站的利益。兽医站作为民事主体，有权要求主任返还因拿回扣所获得的非法利益。例如，若回扣导致兽医站采购饲料的成本增加，兽医站可以依据内部财务管理制度或相关民事法律规定，通过内部追责程序或民事诉讼途径，要求主任返还回扣款项，并赔偿因该行为给兽医站造成的其他损失，如因饲料质量不佳导致的养殖动物健康问题所引发的损失等。
- 若兽医站与饲料供应商之间存在合同关系，主任拿回扣可能构成对合同约定的违反。兽医站可以依据合同条款，要求饲料供应商承担违约责任，如重新提供符合质量标准的饲料、降低饲料价格等，同时追究主任在其中的连带责任。
从行政法律关系角度：
- 如果兽医站属于事业单位或受行政机关委托管理的单位，主任拿回扣的行为可能违反行政纪律和行政法规。相关行政机关可以根据《事业单位工作人员处分暂行规定》等规定，对主任给予警告、记过、降低岗位等级、撤职、开除等处分。例如，若主任拿回扣的行为被认定为严重违反职业道德或工作纪律，行政机关可以依法给予其较重的处分，以维护公共利益和行政管理秩序。
- 此外，如果该行为涉及行政许可、行政采购等领域，还可能违反《中华人民共和国政府采购法》等相关法律法规，相关监管部门可以对其进行行政处罚，如罚款、没收违法所得等。
从刑事法律关系角度：
- 如果主任拿回扣的数额较大，可能构成非国家工作人员受贿罪。根据《中华人民共和国刑法》第一百六十三条的规定，公司、企业或者其他单位的工作人员，利用职务上的便利，索取他人财物或者非法收受他人财物，为他人谋取利益，数额较大的，处三年以下有期徒刑或者拘役，并处罚金；数额巨大或者有其他严重情节的，处三年以上十年以下有期徒刑，并处罚金；数额特别巨大或者有其他特别严重情节的，处十年以上有期徒刑或者无期徒刑，并处罚金。在这种情况下，兽医站或其他相关主体可以向公安机关报案，由司法机关依法追究主任的刑事责任。
- 如果兽医站具有国家事业单位的性质，主任属于国家工作人员，其拿回扣的行为可能构成受贿罪，将依据《中华人民共和国刑法》第三百八十五条等规定进行处罚，处罚更为严厉。
建议采取以下步骤处理：
- 首先，收集相关证据，如回扣的转账记录、聊天记录、证人证言等，以证明主任拿回扣的事实。
- 其次，根据兽医站的性质和内部管理制度，决定是先进行内部调查和处理，还是直接向相关行政机关或司法机关报案。
- 最后，在处理过程中，注意保护相关人员的合法权益，遵循法定程序，确保处理结果的合法性和公正性。
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