结论：在民间借贷中，若无书面利息约定但实际付息后，借款人主张抵扣本金的，司法认定会综合考虑多种因素，包括实际履行情况、交易习惯、当事人陈述等，以判断利息约定的存在与否及具体利率，进而决定是否允许抵扣本金。

详细分析：

1. 利息约定的存在性判断：

   • 实际履行情况：若借款人已按照一定利率实际支付了利息，且出借人接受了该利息支付，这通常被视为双方对利息有实际约定的证据。法院在审理时，会重点审查利息支付的时间、金额、频率等，以判断是否存在利息约定。
   • 交易习惯：在民间借贷中，如果双方长期存在有息借贷的交易习惯，且该习惯在本次借贷中得以延续，法院也可能据此认定存在利息约定。
   • 当事人陈述：双方当事人的陈述也是法院判断利息约定存在与否的重要依据。如果借款人主张有利息约定而出借人否认，法院会结合其他证据进行综合判断。

2. 利息利率的确定：

   • 书面约定缺失时的处理：在无书面利息约定的情况下，法院可能根据《最高人民法院关于审理民间借贷案件适用法律若干问题的规定》中的相关规定，结合当地或者当事人的交易方式、交易习惯、市场利率等因素确定利息。
   • 实际支付利息的参考：如果借款人已实际支付了利息，且该利息未超过法律保护的利率上限（目前为一年期贷款市场报价利率的四倍），法院可能将该实际支付的利息作为确定利率的参考。

3. 本金抵扣的司法认定：

   • 允许抵扣的情况：如果法院认定存在利息约定，且借款人已支付的利息未超过法律保护的利率上限，那么借款人主张将已支付的利息抵扣本金的，法院通常会予以支持。
   • 不允许抵扣的情况：如果法院认定不存在利息约定，或者借款人已支付的利息超过了法律保护的利率上限，那么借款人主张抵扣本金的，法院可能不予支持。对于超过法律保护利率上限的部分利息，法院可能还会判决借款人返还给出借人，或者从应支付的本金中扣除。

4. 特殊情况下的处理：

   • 预扣利息：如果出借人在出借本金时预扣了利息，那么借款人实际收到的本金应扣除预扣的利息部分。在这种情况下，借款人主张抵扣本金的，法院会根据实际收到的本金进行计算。
   • 利息与本金混同：如果借款人支付的款项难以区分是利息还是本金，法院可能会根据《民法典》中关于借款合同的规定，以及民间借贷的交易习惯，进行合理分配和认定。

建议：

• 完善书面约定：为避免纠纷，借贷双方应在借款时签订书面合同，明确约定借款金额、利率、还款期限等关键条款。
• 保留支付凭证：借款人应妥善保留支付利息的凭证，如银行转账记录、收据等，以便在发生纠纷时提供证据。
• 及时咨询律师：如果借贷双方对利息约定或本金抵扣等问题存在争议，应及时咨询专业律师，了解自身权益和义务，以便采取合适的法律措施维护自身权益。

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