运输途中死亡且已无害化处理的生猪，是否列入罚款金额计算需分情况讨论，具体分析如下：

1. 若生猪死亡原因与违法行为直接相关
   例如因运输企业未履行检疫义务、超载运输导致生猪死亡，或故意丢弃病死猪等违法行为，行政机关在处罚时可能将死亡生猪数量纳入违法事实认定范围。此时即使已无害化处理，仍可能作为计算罚款的基数，依据《动物防疫法》第九十八条，罚款金额通常与违法运输的动物数量或货值金额挂钩。

2. 若生猪死亡原因与违法行为无关
   例如因自然灾害、意外事故等不可抗力导致生猪死亡，且运输企业已及时采取无害化处理措施并报备的，行政机关可能不将其列入罚款计算范围。但需注意，企业需保留相关证据（如气象证明、处理记录等）以证明死亡与违法行为无关。

3. 关键考量因素

   • 因果关系：死亡是否由违法行为直接导致；
     
   • 程序合规性：无害化处理是否符合《动物防疫法》第二十条规定的“及时报告、消毒、深埋等要求”；
     
   • 主观过错：运输企业是否存在故意隐瞒、违规处置等情节。

建议：若面临此类处罚，企业应重点审查行政机关的处罚依据是否充分，尤其是死亡生猪与违法行为的关联性证明。如有异议，可依法申请行政复议或提起行政诉讼。具体案件需结合证据材料进一步分析，若有疑问可直接向我咨询。