关于项目业主单位是合资单位，总包把设备分包给业主单位的小股东是否违法的问题，这并非一个简单的“是”或“否”的答案，而是需要根据具体情况来综合判断。以下是我从不同角度为你进行的分析：
合同相对性原则：
- 从合同法的角度来看，总包单位与业主单位之间、总包单位与分包单位（即业主单位的小股东）之间，分别存在独立的合同关系。只要这些合同都是双方真实意思表示，且内容不违反法律、行政法规的强制性规定，那么这些合同就是有效的。
- 因此，如果总包单位与业主单位的小股东之间的分包合同符合上述条件，且没有损害业主单位或其他第三方的利益，那么这种分包行为在合同法层面是合法的。
关联交易与利益冲突：
- 然而，如果业主单位的小股东在分包过程中利用了其作为股东的身份或地位，获取了不正当的利益，或者这种分包行为对业主单位造成了损害，那么就可能涉及到关联交易和利益冲突的问题。
- 在这种情况下，即使分包合同本身在形式上没有问题，也可能因为违反了公司法、反不正当竞争法等相关法律法规的规定，而被认定为违法或无效。
合资单位的具体规定：
- 业主单位作为合资单位，其内部可能还有关于关联交易、利益冲突等方面的具体规定或章程。如果总包单位与业主单位的小股东之间的分包行为违反了这些规定或章程，那么也可能被认定为违法或违规。
实际操作中的注意事项：
- 在实际操作中，总包单位在将设备分包给业主单位的小股东时，应当确保分包合同的合法性和合规性，避免涉及关联交易和利益冲突的问题。
- 同时，业主单位也应当加强对分包行为的监督和管理，确保分包行为不会损害其自身的利益。
法律建议：
- 如果你作为业主单位或相关方，对这种分包行为存在疑虑或担忧，建议首先审查分包合同的内容以及相关方的身份和地位，评估是否存在关联交易和利益冲突的问题。
- 如果发现存在违法或违规的情况，应当及时采取措施进行纠正或制止，并考虑寻求法律途径来维护自身的权益。
可能后果：
- 如果这种分包行为被认定为违法或违规，那么总包单位和业主单位的小股东可能会面临法律责任，包括但不限于合同无效、赔偿损失等。
- 同时，这种违法或违规行为也可能对业主单位的声誉和信誉造成负面影响，进而影响其未来的业务发展和合作机会。
综上所述，总包把设备分包给业主单位的小股东是否违法，需要根据具体情况来综合判断。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。