结论：买独院签协议并公证后，若协议合法有效且已履行完毕，原房东在拆迁时一般无权找麻烦；但若协议存在瑕疵或未完全履行，原房东仍可能主张权利。以下从不同情况展开说明：

1. 协议合法有效且已履行完毕
   若买卖协议符合《民法典》中关于合同效力的规定（如双方具有完全民事行为能力、意思表示真实、内容不违反法律强制性规定等），且已办理产权过户手续（如房屋所有权证、土地使用权证变更至买方名下），则买方已合法取得房屋及院落的完整物权。根据《民法典》第209条，不动产物权的设立、变更、转让和消灭，经依法登记发生效力。此时，即使拆迁，补偿权益也应归买方所有，原房东无权主张。公证的作用在于增强协议的证据效力，若发生纠纷，公证文书可直接作为认定事实的依据。

2. 协议存在瑕疵或未完全履行

   • 未办理产权过户：若因政策限制（如宅基地使用权转让需符合特定条件）或双方未主动办理过户，房屋产权仍登记在原房东名下。此时，原房东可能以“名义所有权人”身份主张拆迁补偿，买方需依据协议主张实际权利，但可能面临举证困难或诉讼风险。
     
   • 协议内容违法：若协议违反法律强制性规定（如宅基地使用权非法转让给非本集体经济组织成员），可能被认定无效。此时，原房东有权要求返还房屋，拆迁补偿也可能归原房东所有，买方可能面临损失。
     
   • 未支付全部价款：若买方未按协议支付全部购房款，原房东可能以“未完全履行合同”为由主张权利，甚至拒绝配合办理过户或拆迁手续。

3. 特殊情形：农村宅基地独院买卖
   若独院属于农村宅基地上的房屋，根据《土地管理法》第62条，宅基地使用权仅限本集体经济组织成员享有。若买方非该集体成员，协议可能因违反法律强制性规定而无效，原房东在拆迁时可能主张房屋及宅基地使用权归其所有。但若买方已实际占有使用多年，且集体经济组织未提出异议，部分法院可能根据“诚实信用原则”保护买方权益，但存在不确定性。

建议：

• 签订协议前，务必核实房屋产权性质（如是否为商品房、小产权房、宅基地房）及卖方身份（如是否为产权人、是否共有），确保协议内容合法有效。
  
• 优先办理产权过户手续，将房屋及土地使用权登记至买方名下，从根本上避免纠纷。
  
• 若因政策限制无法过户，可在协议中明确约定拆迁补偿归属，并办理公证，同时保留付款凭证、占有使用证据（如水电费缴纳记录、物业证明等），以增强主张权利的依据。
  
• 若涉及农村宅基地房屋买卖，建议咨询当地国土部门或律师，确认是否符合转让条件，避免无效风险。
  

如有具体协议条款或交易细节需要分析，可直接向我咨询，我会结合实际情况提供进一步建议。