结论：协议中写“女方拆迁时的40平米给孩子”这一表述，从法律角度来说，本身没有原则性问题，但协议内容是否完善、能否有效保障孩子权益，还需结合具体情况进一步分析。以下从不同角度为你详细阐述：

协议主体与目的角度

1. 主体合法性：协议主体是离婚的双方，双方作为完全民事行为能力人，有权对财产进行处分。将拆迁所得的40平米给孩子，本质上是双方对财产归属的一种约定，只要双方意思表示真实，不存在欺诈、胁迫等情形，从主体角度来说，这种约定是合法的。
2. 目的正当性：将财产给予孩子，通常是为了保障孩子未来的生活、居住等权益，目的具有正当性。这种约定也符合公序良俗原则，法律一般会予以尊重和保护。

协议内容明确性角度

1. 面积具体性：协议中明确写明是“40平米”，这一表述相对具体，但还需要明确这40平米的具体位置、房屋性质（是住宅、商业用房还是其他）等信息。例如，如果拆迁涉及多个地块、多种类型的房屋，不明确具体位置和性质，未来在履行协议时可能会产生争议。
2. 产权归属与过户时间：协议应明确这40平米的产权最终归孩子所有，并且要约定好过户的时间和方式。比如，可以约定在孩子年满18周岁时，双方配合将房屋产权过户到孩子名下。如果没有约定过户时间和方式，可能会在实际操作中遇到困难，甚至影响孩子对房屋权益的实现。
3. 使用与管理：在孩子未成年期间，房屋的使用和管理也需要明确。例如，是由一方监护人居住使用，还是出租获取收益，收益如何分配等。如果不明确这些内容，可能会在孩子成长过程中引发双方之间的矛盾和纠纷。

协议履行与监督角度

1. 履行保障：为了确保协议能够得到有效履行，可以在协议中约定违约责任。比如，如果一方不按照协议约定配合过户或管理房屋，应承担相应的违约责任，如支付违约金等。这样可以增加双方履行协议的约束力。
2. 监督机制：由于涉及孩子的权益，可以考虑引入第三方监督机制。例如，可以约定由双方共同信任的亲友或相关机构对协议的履行情况进行监督，确保孩子的权益得到切实保障。

法律后果角度

1. 有效协议的后果：如果协议内容完善、合法有效，双方应当按照协议约定履行各自的义务。一方不履行的，另一方可以依据协议向法院提起诉讼，要求对方履行义务或承担违约责任。法院会根据协议的约定和实际情况，判决支持守约方的诉讼请求。
2. 无效或可撤销协议的后果：如果协议存在欺诈、胁迫、重大误解、显失公平等情形，可能导致协议无效或可撤销。例如，一方在签订协议时隐瞒了重要事实，导致另一方做出错误的意思表示，另一方可以在法定期限内请求法院撤销协议。协议被撤销后，自始没有法律约束力，双方应恢复到协议签订前的状态。

建议：为了确保协议的合法性和有效性，最大程度保障孩子的权益，建议你们在签订协议前，咨询专业的律师。律师可以根据你们的实际情况，对协议内容进行审查和完善，提供具体的法律建议和指导。如果你还有其他关于征地拆迁、婚姻家庭等方面的法律问题，也可以直接向我咨询。