结论：拆迁协议中“平方换平方”与写明乙方搬迁人员（包括已离婚的儿子）的情况并不矛盾，这两者分别涉及拆迁补偿方式和搬迁人员资格认定的问题。以下是对此问题的详细分析：
一、关于“平方换平方”
“平方换平方”是拆迁补偿中常见的一种方式，即按照被拆迁房屋的建筑面积，以相同或相近的建筑面积进行安置。这种方式简单明了，易于操作，能够确保被拆迁人的基本居住需求得到满足。在拆迁协议中明确这一点，是为了保障被拆迁人的合法权益，确保他们能够获得与原有房屋面积相当的安置房屋。
二、关于写明乙方搬迁人员
拆迁协议中写明乙方搬迁人员，包括已经离婚的儿子，这主要是出于以下几个方面的考虑：
搬迁人员资格认定：拆迁协议中需要明确哪些人员属于搬迁范围，以便在后续的安置过程中进行准确的资格认定。即使儿子已经离婚，但如果他原本属于该房屋的共同居住人或具有其他合法居住权，那么他仍然可能被视为搬迁人员之一。
安置房屋分配：在“平方换平方”的补偿方式下，安置房屋的分配通常与搬迁人员的数量有关。写明搬迁人员，可以确保在分配安置房屋时，能够按照实际人数进行合理分配，避免出现纠纷。
法律责任与义务：拆迁协议中明确搬迁人员，也是为了明确各方在拆迁过程中的法律责任与义务。例如，搬迁人员需要按照协议约定的时间完成搬迁，否则可能需要承担相应的违约责任。
三、关于已离婚儿子的特殊情况
对于已经离婚的儿子，如果他在离婚后仍然居住在该房屋内，或者对该房屋具有其他合法权益（如共同共有、按份共有等），那么他仍然可能被视为搬迁人员之一。然而，如果他在离婚后已经放弃了对该房屋的居住权或所有权，那么他可能就不再属于搬迁人员范围。这需要根据具体的离婚协议、房屋产权证明以及相关法律法规进行综合判断。
四、建议与注意事项
仔细审查拆迁协议：在签订拆迁协议前，务必仔细审查协议内容，确保所有条款都符合自己的利益和需求。特别是关于搬迁人员的认定和安置房屋的分配等条款，需要格外注意。
咨询专业律师：如果对拆迁协议中的任何条款存在疑问或不确定之处，建议及时咨询专业律师。律师可以根据你的具体情况和当地法律法规，为你提供专业的法律意见和建议。
保留相关证据：在拆迁过程中，务必保留好所有相关证据，如房屋产权证明、离婚协议、搬迁通知等。这些证据在后续的安置过程中可能起到关键作用。
如果你在拆迁协议方面还有其他疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。