签过了包含不存在劳动关系的自由职业协议，并不意味着就完全没有可能再确认劳动关系了。以下从几个角度为你详细分析：
协议内容与实际履行情况不符
协议内容虚假：如果自由职业协议中明确约定双方不存在劳动关系，但实际履行过程中，你接受公司的管理、指挥和监督，遵守公司的规章制度，从事公司安排的有报酬的劳动，且你提供的劳动是公司业务的组成部分，那么这些实际履行情况与协议内容相悖。在这种情况下，你可以通过收集相关证据（如工作证、考勤记录、工资支付记录、工作邮件、聊天记录等）来证明你与公司之间实际上存在劳动关系。
法律认定标准：劳动关系的认定并不仅仅依据双方签订的协议，更重要的是看实际履行过程中是否符合劳动关系的特征。根据《关于确立劳动关系有关事项的通知》等相关规定，劳动关系通常具备以下特征：用人单位和劳动者符合法律、法规规定的主体资格；用人单位依法制定的各项劳动规章制度适用于劳动者，劳动者受用人单位的劳动管理，从事用人单位安排的有报酬的劳动；劳动者提供的劳动是用人单位业务的组成部分。
协议存在违法或无效情形
违法条款无效：如果自由职业协议中的某些条款违反了法律法规的强制性规定，如排除劳动者依法应享有的权益、免除用人单位的法定责任等，那么这些条款是无效的。在协议部分无效的情况下，不影响其他部分的效力，但你可以根据实际情况主张协议中的无效条款不影响劳动关系的认定。
欺诈、胁迫等情形：如果签订自由职业协议时存在欺诈、胁迫等情形，导致你在违背真实意思的情况下签订了协议，那么你可以根据《民法典》的相关规定，请求人民法院或者仲裁机构撤销该协议。撤销后，你可以根据实际情况主张劳动关系的存在。
实际操作建议
收集证据：无论哪种情况，收集证据都是关键。你需要收集能够证明你与公司之间存在劳动关系的证据，如工作证、考勤记录、工资支付记录、工作邮件、聊天记录、同事证言等。
咨询专业律师：在处理这类纠纷时，由于涉及法律条款的适用和证据的收集与认定，建议你咨询专业律师。我可以根据你的具体情况，为你提供详细的法律建议和操作方案。
申请劳动仲裁或提起诉讼：如果与公司协商无果，你可以向当地劳动仲裁机构申请劳动仲裁，或者向人民法院提起诉讼，要求确认你与公司之间存在劳动关系，并主张相应的权益。
总结来说，签过了包含不存在劳动关系的自由职业协议，并不意味着就完全没有可能再确认劳动关系了。你可以根据实际情况收集证据，咨询专业律师，并通过法律途径来维护自己的合法权益。如果你有任何疑问或需要进一步的帮助，请随时向我咨询。