核心结论：针对您提到的挂靠合同中发票开具公司名的情况，这涉及税务、合同效力及法律责任等多方面问题，需根据具体情况采取不同措施。以下分情况详细说明：
1. 若挂靠关系合法且合同有效
- 税务处理：发票开具公司名（即被挂靠方）需确保税务合规。被挂靠方作为名义纳税人，应按实际业务情况申报纳税，避免虚开发票风险。挂靠方（实际经营者）需与被挂靠方明确税款承担方式，并在合同中约定，避免后续纠纷。
- 合同履行：双方应严格按合同约定履行义务，尤其是资金流向、货物或服务交付等关键环节，确保业务真实性，防止被认定为“虚开增值税专用发票”等违法行为。
- 建议：保留完整业务证据（如合同、付款记录、物流单据等），以证明交易真实性，降低税务风险。
2. 若挂靠关系违法或合同无效
- 法律风险：根据《民法典》及相关司法解释，挂靠行为可能因违反强制性规定（如建筑行业资质要求）被认定无效。此时，发票开具公司名可能涉及“虚开发票”或“帮助逃税”等违法行为，双方均可能面临行政处罚甚至刑事责任。
- 责任划分：若合同无效，双方需根据过错程度承担责任（如返还财产、赔偿损失等）。被挂靠方作为名义经营者，可能需对第三方承担连带责任。
- 建议：立即停止违法挂靠行为，梳理业务往来，必要时咨询律师评估风险，并主动向税务机关说明情况，争取从轻处理。
3. 若发票开具存在瑕疵（如抬头错误、内容不符）
- 税务风险：发票与实际业务不符可能导致进项税额无法抵扣、企业所得税前扣除被否决等后果，甚至被认定为“虚开发票”。
- 补救措施：
- 联系开票方：要求重新开具符合实际的发票，并确保三流一致（合同流、资金流、货物流）。
- 税务申报调整：若已抵扣或扣除，需在发现后及时作进项税额转出或纳税调增，避免滞纳金或罚款。
- 内部整改：完善财务和合同管理制度，杜绝类似问题再次发生。
4. 若涉及第三方纠纷（如被挂靠方债权人追索）
- 风险点：若被挂靠方对外负债，债权人可能要求挂靠方承担连带责任（如以被挂靠方名义签订的合同未履行）。
- 应对策略：
- 合同隔离：在挂靠合同中明确约定责任划分，限制被挂靠方对外签署与挂靠业务无关的合同。
- 证据保留：保存挂靠关系证明（如资金往来记录、授权委托书等），以证明业务独立性。
- 法律程序：若被牵连诉讼，及时委托律师应诉，主张合同相对性原则，避免不必要的损失。
总结：挂靠合同中发票开具公司名的问题需结合业务真实性、合同效力及税务合规性综合判断。建议您：
- 立即审查挂靠合同及发票内容，评估法律风险；
- 根据具体情况采取补救措施（如重开发票、调整税务申报）；
- 完善内部管理，避免未来风险；
- 如有复杂情况，可直接向我咨询，我将结合具体证据提供针对性方案。