您好，关于您提出的“挂靠别人公司开发票是否违法以及如何处理”的问题，这是一个涉及税务法规和合规操作的重要议题。
首先，要明确的是，挂靠别人公司开发票并非绝对违法，但其合法性高度依赖于业务实质和操作方式。根据国家税务总局2014年第39号公告以及最高人民法院的相关复函，我们可以得出以下核心原则来判断开票是否合法：
业务真实：发票必须真实反映实际发生的交易。这意味着纳税人（开票方）必须向受票方实际销售了货物、提供了应税劳务或服务。
主体一致：在挂靠经营的情况下，关键要看业务是以谁的名义进行的。如果挂靠方以被挂靠方的名义对外销售货物、提供劳务或服务，且被挂靠方是法定的纳税人，并实际掌控或主导了交易流程，那么被挂靠方开具的增值税专用发票可能是合法的。
三流合一：即合同流、货物流/服务流、资金流要尽可能清晰、一致、可验证。这要求纳税人（开票方）必须向受票方收取了款项，或者取得了索取款项的有效凭据（如合同约定），并且开具的增值税专用发票内容（品名、金额、数量等）必须与实际销售或提供的服务完全一致。
针对挂靠经营下的开票规则，有两种截然不同的情形：
情形一（可能合法）：挂靠方以被挂靠方的名义对外经营，被挂靠方是法定的纳税人，并实际掌控或主导了交易流程。此时，被挂靠方向实际购买方（受票方）开具增值税专用发票，符合39号公告要求，不属于虚开。
情形二（高危违法）：挂靠方以自己的名义对外经营，被挂靠方仅仅出借资质，与该项具体业务无关。此时，被挂靠方为该项业务向受票方开具增值税专用发票，完全不符合39号公告规定，属于典型的“为他人虚开增值税专用发票”，是严重的税收违法行为，甚至可能构成犯罪。
对于如何处理这种情况，我给出以下建议：
严格审核挂靠方资质和项目真实性：被挂靠企业出借资质前，必须对挂靠方的资质和项目真实性进行严格审核，确保业务真实发生。
建立完善的内部管控和财务核算制度：被挂靠企业应建立完善的内部管控和财务核算制度，确保掌握业务全貌，避免盲目开票。
对挂靠方以自己名义开展的业务坚决拒绝开票要求：对于挂靠方以自己名义开展的业务，被挂靠方应坚决拒绝其开票要求，避免陷入法律风险。
寻求专业税务法律顾问支持：被挂靠企业应寻求专业税务法律顾问的支持，评估模式风险，确保合规操作。
总之，挂靠别人公司开发票并非简单的是非问题，其合法性高度依赖于业务实质和操作方式。无论是挂靠方还是被挂靠方，都应深刻理解政策本质，坚守“业务真实、主体一致”的原则，完善内控，规范操作。涉税无小事，合规方能行稳致远。