在处理同一案件因不同理由收到不予立案通知时，行政复议的60天期限应从最后一个不予立案通知送达之日起计算。以下是对此问题的详细分析：

法律依据与理解

根据《中华人民共和国行政复议法》的相关规定，公民、法人或者其他组织认为具体行政行为侵犯其合法权益的，可以自知道该具体行政行为之日起六十日内提出行政复议申请。这里的“知道该具体行政行为之日”，通常指的是行政机关作出具体行政行为并送达给申请人的日期。

具体情境分析

1. 同一案件，不同理由，多次不予立案：

   • 在这种情况下，行政机关可能基于不同的理由或事实，对同一案件作出了多次不予立案的决定。
   • 每次不予立案的决定都是独立的行政行为，但它们都针对同一案件。

2. 行政复议期限的起算点：

   • 行政复议的期限应从申请人知道最后一个不予立案决定之日起计算。
   • 这是因为，只有当申请人收到并了解了最后一个不予立案决定的内容后，才能全面评估自己的权益是否受到侵害，并决定是否提出行政复议申请。

3. 实际操作建议：

   • 申请人应妥善保存所有不予立案的通知及相关送达凭证，以证明自己知道具体行政行为的日期。
   • 在收到最后一个不予立案通知后，申请人应及时计算行政复议的期限，并在期限内提出申请，以免丧失复议权利。

特殊情况考虑

• 如果行政机关在作出不予立案决定时，未依法送达给申请人，或者送达方式存在瑕疵导致申请人未能及时知晓决定内容，那么行政复议的期限可能会受到影响。在这种情况下，申请人可以依法向行政机关提出异议，并要求重新确定送达日期或采取其他补救措施。

结论与提醒

综上所述，对于同一案件因不同理由收到不予立案通知的情况，行政复议的60天期限应从最后一个不予立案通知送达之日起计算。申请人应密切关注行政机关的送达情况，并在收到通知后及时计算期限，以确保自己的合法权益得到有效维护。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。