行政机关在行政案件中扣押物品的法律依据主要来源于《中华人民共和国行政强制法》及相关法律法规，具体条款和解释如下：
《中华人民共和国行政强制法》的相关规定：
- 第九条：明确规定了行政强制措施的种类，其中包括扣押财物。这一条款为行政机关在行政案件中扣押物品提供了直接的法律基础。
- 第二条：强调了行政强制措施的设定和实施应当依照法定的权限、范围、条件和程序，确保了扣押行为的合法性和正当性。
- 第十八条：详细规定了实施行政强制措施应当遵守的程序，包括向行政机关负责人报告并经批准、由两名以上行政执法人员实施、出示执法身份证件、通知当事人到场、当场告知当事人采取行政强制措施的理由、依据以及当事人依法享有的权利、救济途径等。这些程序要求保护了被扣押人的合法权益，避免了不当扣押或超期扣押等情况的发生。
其他相关法律法规的规定：
- 《中华人民共和国行政处罚法》：虽然该法主要规范的是行政处罚行为，但在第五十六条中规定了行政机关在收集证据时，可以采取先行登记保存的措施，这在实际操作中与扣押有类似效果。即在证据可能灭失或者以后难以取得的情况下，经行政机关负责人批准，可以先行登记保存，并应当在七日内及时作出处理决定。
- 特定领域的行政法规：如《中华人民共和国税收征收管理法》第三十八条规定了税务机关在特定情况下可以采取扣押、查封等税收保全措施。这表明，在不同领域的行政管理中，相关行政法规会根据具体管理需要，赋予相关行政机关扣押物品的权力。
在实际操作中，行政机关扣押物品还需注意以下几点：
- 严格遵守法定程序：行政机关在扣押物品时，必须严格遵守《中华人民共和国行政强制法》及相关法律法规规定的程序，确保程序的合法性和正当性。
- 保护被扣押人的合法权益：行政机关应当注意保护被扣押人的合法权益，避免不当扣押或超期扣押等情况的发生。如果扣押行为侵犯了当事人的合法权益，当事人有权依法申请行政复议或提起行政诉讼。
- 仔细查阅相关法律法规和规章：对于不同类型的行政案件和扣押对象，相关法律法规可能有更为具体的规定。因此，在实际操作中，行政机关应当仔细查阅相关法律法规和规章，确保扣押行为的合法性和有效性。
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