结论前置：合同的笔修改是否合法，关键在于是否满足双方协商一致并经过签字、盖章或按手印等确认程序。满足这些条件，修改即为合法有效；反之，则可能无效。
详细分析：
一、合同修改的基本原则
合同作为双方意思表示一致的产物，其修改必须遵循自愿、平等、诚实信用等基本原则。根据《中华人民共和国民法典》第五百四十三条的规定：“当事人协商一致，可以变更合同。”这为合同修改提供了明确的法律依据。因此，任何合同的修改，无论是笔修改还是其他形式，都必须建立在双方协商一致的基础上。
二、合同笔修改的具体情形及合法性判断
双方协商一致且有约定的修改
- 情形分析：如果合同双方在签订时就约定了可以通过手写修改的方式对合同进行变更，并且在修改处有双方的确认（如签字、盖章或按手印），则该修改是合法有效的。
- 举例说明：比如，甲乙双方在合同中明确约定：“本合同如有修改，需双方签字确认。”后来，双方就合同中的某一条款进行了手写修改，并在修改处签字确认。这种情况下，修改就是合法有效的。
双方协商一致但无约定的修改
- 情形分析：即使合同中没有事先约定手写修改的事宜，但只要双方经协商后一致同意，并通过手写方式进行了修改，且双方在修改处予以确认（如签字、盖章或按手印），该修改同样具有法律效力。
- 举例说明：甲乙双方签订了一份合同，但未约定修改方式。后来，双方就合同中的某一条款进行了手写修改，并在修改处签字确认。这种情况下，修改也是合法有效的。不过，为了更稳妥，建议双方补签一份书面的补充协议，明确说明修改内容及其与原合同的关联关系。
单方擅自修改
- 情形分析：如果一方在未经对方同意的情况下擅自修改合同，这种修改是无效的。因为合同是双方意思表示一致的产物，任何一方都无权单方面变更合同内容。
- 举例说明：甲未经乙同意，擅自修改了合同中的某一条款。乙发现后，有权拒绝承认该修改，并要求甲恢复原状。如果甲拒绝，乙可以通过协商、调解、仲裁或诉讼等方式维护自身权益。
三、合同笔修改的步骤和注意事项
基本步骤：
- 协商一致：双方需就修改的内容、方式等达成一致意见。
- 签署确认：在修改处签字或盖章以确认修改内容。这是确保修改合法有效的关键步骤。
- 明确修改内容：修改时需明确具体内容，避免歧义或误解。
注意事项：
- 保持一致性：修改后的合同内容应与原合同的主要条款保持一致，不冲突。
- 避免私自修改：私自修改无效且可能构成违约。如果需要对合同进行修改，一定要与对方协商一致。
- 注意修改形式：可以采取直接在原合同上修改并确认的方式，也可以重新签署合同或签署补充协议。无论哪种方式，都需确保形式的合法性和有效性。
总结与建议：合同的笔修改并非简单地在纸上涂改几下就能生效的。它必须满足双方协商一致并经过签字、盖章或按手印等确认程序。因此，在进行合同笔修改时，一定要谨慎对待，确保修改的合法性和有效性。如果你在合同修改过程中遇到任何问题或困惑，可以直接向我咨询，我会为你提供专业的法律建议和帮助。