合同盖章后又用笔修改，其合法性需视具体情况而定。以下从不同角度为您详细分析：
1. 双方协商一致修改
- 合法有效：如果合同盖章后，双方当事人经过协商，一致同意对合同内容进行修改，并在修改处签字或盖章确认，那么这种修改是合法有效的。这体现了合同双方意思自治的原则，只要双方达成合意，对合同条款的变更即为有效。
- 实例说明：比如，甲乙双方签订了一份买卖合同，约定甲方向乙方购买100台设备。后来，双方协商一致，决定增加购买20台设备，并在合同上用笔修改了数量，同时双方在修改处签字确认。这样的修改就是合法有效的。
2. 未经对方同意擅自修改
- 不具有法律效力：如果合同盖章后，一方未经对方同意，擅自用笔修改合同内容，那么这种修改是不具有法律效力的。擅自修改可能损害对方利益，违反合同签订时的约定和诚信原则。
- 法律后果：擅自修改合同的一方可能面临违约责任，需要赔偿对方因此遭受的损失。同时，如果擅自修改的内容涉及合同的主要条款，如标的、数量、质量、价款等，还可能导致合同无效或被撤销。
3. 符合法定合同变更条件
- 合法有效：如果合同盖章后的修改行为符合法定的合同变更条件，如因不可抗力致使合同目的不能实现等，且遵循法定程序进行修改，那么这种修改也是合法的。
- 法定程序：根据《民法典》的相关规定，当事人协商一致，可以变更合同。如果因不可抗力等法定原因需要变更合同，当事人应当及时通知对方，并在合理期限内提供证明。
4. 修改后的确认与保存
- 重要步骤：无论哪种情况下的修改，都建议双方在修改后重新确认合同内容，并保存好修改后的合同文本。这有助于避免未来可能出现的纠纷。
- 建议操作：可以在修改处加盖双方公章或签字确认，并注明修改日期。同时，将修改后的合同文本复印或扫描保存，以备不时之需。
法律建议
- 严格遵守法律规定：在修改合同时，务必严格遵守法律规定和合同约定，确保修改行为的合法性和有效性。
- 保持沟通与协商：如果需要对合同进行修改，建议双方保持沟通与协商，共同确定修改内容，并在修改处签字或盖章确认。
- 寻求专业法律帮助：如果对合同修改的法律效力存在疑问或争议，建议及时寻求专业律师的法律帮助，以确保自身权益的保障。
如有任何法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。我将根据您的具体情况，提供专业、全面的法律建议。