合同手动修改的有效性取决于具体情况。以下是对不同情况下的详细分析：
双方协商一致并确认：
- 如果合同双方当事人在手动修改合同内容后，均进行了签字、盖章或按手印等确认行为，表明双方对修改内容均予以认可，那么这种手动修改通常是有效的。因为双方达成了新的合意，对原合同进行了变更。
一方擅自修改：
- 如果合同中的一方未经另一方同意，擅自对手动修改内容进行了更改，那么这种修改对另一方是不产生法律效力的。原合同条款继续对双方具有法律约束力，擅自改动方可能需要承担相应的违约责任。
合同形式要求：
- 有些合同在签订时就约定了变更合同的特定形式，如必须采用书面协议并经双方加盖公章等。在这种情况下，如果只是单纯手改而未按照约定的形式进行变更，手改部分可能不具有法律效力。
特殊注意事项：
- 如果合同已经过公证或备案，手动修改后建议重新进行公证或备案，以确保修改的合法性和有效性。虽然这一步骤不是必须的，但可以增加合同的法律保障，减少未来可能出现的纠纷。
综上所述，合同手动修改的有效性取决于双方是否协商一致、是否有确认行为、合同的形式要求以及是否经过公证或备案等因素。在修改合同时，双方应确保协商一致，并在修改处进行明确的确认行为。同时，要注意合同中是否有关于变更形式的特定约定，并遵守相关规定。如果合同已经过公证或备案，建议在修改后重新进行公证或备案，以确保合同的合法性和有效性。