公司部门撤销后，员工是否有补偿主要取决于劳动合同是否解除、解除的原因及程序，以及员工的薪资待遇等条件是否发生变化。以下是对不同情况的详细分析：

一、有补偿的情况

1. 公司违法解除劳动合同

   • 条件：若公司撤销部门后，直接以此为由与劳动者解除劳动合同，且该解除行为不符合法律规定的条件和程序（如未经提前通知、未支付经济补偿等），则构成违法解除劳动合同。
   • 补偿标准：根据《中华人民共和国劳动合同法》第八十七条，用人单位应依照经济补偿标准的二倍向劳动者支付赔偿金。赔偿金计算方式依据劳动者在本单位工作的年限，每满一年支付两个月工资的标准，六个月以上不满一年的按一年计算，不满六个月的支付一个月工资的经济补偿。月工资指劳动合同解除前十二个月的平均工资。
   • 示例：假设员工甲在公司工作3年7个月，其解除合同前12个月的平均工资为8000元。由于工作年限按4年计算，且公司违法解除，因此公司应支付甲64000元（4×8000×2）作为赔偿金。

2. 客观情况发生重大变化解除但未支付经济补偿

   • 条件：公司撤销部门可能属于“劳动合同订立时所依据的客观情况发生重大变化，致使劳动合同无法履行”的情形。此时，公司应与劳动者协商变更劳动合同内容。若未能达成协议，公司可以解除劳动合同，但需提前三十日以书面形式通知劳动者或额外支付一个月工资，并按照《劳动合同法》第四十七条的规定支付经济补偿。若未支付，劳动者有权要求公司支付。
   • 经济补偿计算标准：根据劳动者在本单位的工作年限，每满一年支付一个月工资作为经济补偿。工作满六个月但不满一年的，按一年计算；不满六个月的，则支付半个月工资的经济补偿。若劳动者月工资高于所在直辖市或设区的市级人民政府公布的上年度职工月平均工资三倍，经济补偿金将按此三倍数额支付，且最高支付年限不超过十二年。
   • 示例：假设员工乙在公司工作2年2个月，其解除合同前12个月的平均工资为6000元。由于工作年限按2.5年计算，且公司未支付经济补偿，因此公司应支付乙15000元（2.5×6000）作为经济补偿。若公司违法解除，则需支付30000元（15000×2）作为赔偿金。

二、无补偿的情况

1. 协商一致变更劳动合同

   • 条件：若公司撤销部门后，与劳动者协商一致变更劳动合同（如调整工作岗位、工作内容、工资待遇等），且变更后的条件合理且不损害劳动者的合法权益，劳动者同意并继续履行变更后的劳动合同，则公司无需支付赔偿。
   • 示例：公司撤销部门后，与员工丙协商将其调至另一部门工作，工资待遇不变，丙同意并继续工作，则公司无需支付补偿。

2. 劳动者主动离职且公司采取合理安置措施

   • 条件：若公司撤销部门对劳动者工作产生影响，但公司采取了合理的安置措施（如提供其他合适的工作岗位），而劳动者主动提出离职，则公司通常无需支付补偿。
   • 示例：公司撤销部门后，为员工丁提供了另一部门的工作岗位，丁因个人原因主动离职，则公司无需支付补偿。

三、其他注意事项

• 协商优先：在公司撤销部门涉及劳动合同解除时，员工应首先与公司进行协商沟通，尝试达成一致意见。
• 法律救济途径：若公司拒绝支付经济补偿或双方对此有争议，员工可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁以维护自身权益。在申请劳动仲裁前，员工应收集并保留好相关证据材料，如劳动合同、工作记录、工资单、与公司的沟通记录等，以便在仲裁过程中证明自己的主张。
• 具体案例差异：具体的补偿方式和金额可能因个案差异而有所不同，如员工的工作年限、工资水平、公司解除劳动合同的原因及程序等。

总结来说，公司部门撤销后员工是否有补偿需根据具体情况判断。若您在此方面遇到法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供详细的法律建议。