企业支付应由其承担的诉讼费后，可以凭判决书做账，但发票仍是更规范且推荐的做法。以下从不同角度进行分析：
法律与财务规范角度
判决书作为做账依据的合法性：
- 判决书是法院对案件审理后作出的法律文书，具有法律效力。它详细记录了案件的事实、法律依据和判决结果，包括诉讼费用的承担情况。
- 从法律层面讲，判决书可以作为企业支付诉讼费用的合法证明，用于企业内部的财务做账和核算。
发票的规范性与重要性：
- 发票是财务收支的法定凭证，是会计核算的原始依据，也是审计机关、税务机关执法检查的重要依据。
- 虽然判决书可以作为做账依据，但发票在财务和税务上具有更高的规范性和认可度。它能够更直接、明确地证明企业支付了诉讼费用，并符合税务部门的要求。
实际操作与风险防控角度
实际操作中的便利性：
- 凭判决书做账可能需要在企业内部进行额外的解释和说明，因为判决书本身并不直接体现支付金额和支付对象等财务信息。
- 而发票则直接包含了这些信息，使得做账过程更加简便、快捷。
风险防控：
- 使用发票做账可以降低企业因财务不规范而引发的税务风险。税务部门在检查时，更倾向于接受发票作为合法凭证。
- 如果仅凭判决书做账，可能在税务检查时面临更多的解释和说明工作，甚至可能因证据不足而被认定为财务不规范。
建议与总结
优先获取发票：
- 企业在支付诉讼费用时，应尽量要求法院或相关机构开具发票。这样不仅可以确保做账的规范性和合法性，还可以降低税务风险。
判决书作为辅助证明：
- 如果确实无法获取发票，企业可以凭判决书做账，但应同时保留其他相关证据（如支付凭证、法院通知等），以证明支付的真实性和合法性。
咨询专业财务或法律人士：
- 在处理此类财务问题时，企业可以咨询专业的财务或法律人士，以确保做账的规范性和合法性，并降低潜在的风险。
总结：虽然判决书可以作为企业支付诉讼费用的合法证明用于做账，但发票在财务和税务上具有更高的规范性和认可度。因此，企业在支付诉讼费用时，应尽量获取发票，并凭发票做账。如果无法获取发票，可以凭判决书做账，但应同时保留其他相关证据，并咨询专业财务或法律人士的意见。