针对您提出的“合同自然终止但未履行，要与对方签订终止协议但对方不配合盖章”的问题，以下是我的详细分析和建议：

1. 合同自然终止的法律含义：

   • 合同自然终止通常指的是合同因履行完毕、期限届满或双方约定的终止条件成就而自动终止。在此情况下，若合同已自然终止，理论上双方的权利义务关系已告结束。但若合同中存在未履行的部分，特别是涉及后续义务（如保修、售后服务等）或双方有特别约定的，则可能仍需进一步处理。

2. 对方不配合签订终止协议的影响：

   • 终止协议是双方就合同终止后的相关事宜（如未履行部分的处理、违约责任、保密义务等）达成的书面协议。若对方不配合签订，可能导致双方在合同终止后的权利义务关系不明确，增加后续纠纷的风险。

3. 应对策略：

   • 沟通协商：首先，尝试与对方进行友好沟通，了解其不配合的具体原因，并寻求双方都能接受的解决方案。这有助于维护良好的商业关系，并可能避免不必要的法律纠纷。
   • 发送书面通知：若沟通无果，您可以向对方发送书面通知，明确告知合同已自然终止，并要求对方就未履行部分或相关事宜给出明确答复。书面通知应详细阐述合同终止的事实、依据以及您的具体要求，并保留好送达证据。
   • 寻求法律救济：若对方仍不配合，且您认为有必要通过法律手段维护自身权益，可以考虑向法院提起诉讼或申请仲裁。在此过程中，您需要准备充分的证据，包括合同文本、履行情况记录、沟通记录等，以证明您的主张。
   • 考虑单方声明：在特定情况下，若合同已自然终止且对方不配合签订终止协议，您也可以考虑发布单方声明，明确告知公众合同已终止及终止后的相关事宜。但需注意，单方声明可能无法完全替代双方签订的终止协议，且可能引发新的法律争议，因此应谨慎使用。

4. 预防措施：

   • 完善合同条款：在签订合同时，应尽可能完善合同条款，明确约定合同终止的条件、程序以及终止后的相关事宜。这有助于减少合同终止后的纠纷风险。
   • 保留证据：在合同履行过程中，应妥善保留相关证据，如履行情况记录、沟通记录等。这些证据在后续处理合同终止事宜时可能发挥重要作用。

总结与建议：

• 面对对方不配合签订终止协议的情况，您应首先尝试沟通协商，寻求友好解决方案。
• 若沟通无果，可考虑发送书面通知或寻求法律救济。
• 在处理过程中，务必保留好相关证据，以证明您的主张。
• 为预防类似情况再次发生，建议在签订合同时完善合同条款并保留好履行过程中的相关证据。

如有任何进一步的问题或需要更具体的法律建议，请随时向我咨询。