针对您提出的“公司法人代表有犯罪记录是否可以申请军工二级保密资质”的问题，以下是我为您提供的详细解答：

首先，我们需要明确军工二级保密资质，即武器装备科研生产单位二级保密资格，是涉密武器装备科研生产任务企事业单位的必备重要资质。它要求申请单位必须具备严格的保密能力和条件，以确保国家安全和利益不受损害。

在申请军工二级保密资质的过程中，对申请单位及其关键人员有明确的资格要求。其中，关于法人代表的要求是：在中华人民共和国境内依法成立3年以上的法人，且无违法犯罪记录。这一条件明确指出了法人代表必须无违法犯罪记录，这是申请军工二级保密资质的基本前提之一。

如果公司法人代表有犯罪记录，那么根据这一申请条件，该公司将不具备申请军工二级保密资质的资格。因为犯罪记录可能表明该法人代表在诚信、忠诚度或法律遵守方面存在问题，这与军工二级保密资质所要求的严格保密能力和条件相悖。

此外，除了法人代表无违法犯罪记录外，申请单位还需满足其他多项条件，如承担或拟承担的武器装备科研生产项目、产品涉及国家秘密；无境外（含港澳台）控股或直接投资；法定代表人、主要负责人等关键人员需具有中国国籍，无境外永久居留权或长期居留许可，且与境外人员无婚姻关系；具备固定的科研生产和办公场所，以及承担涉密任务的能力；保密制度完善，设有专门机构或人员负责保密工作，且场所、设施、设备防护符合国家标准；最近1年内未发生泄密事件等。

因此，如果公司法人代表有犯罪记录，那么该公司将无法满足申请军工二级保密资质的基本条件，从而无法获得这一重要资质。建议您在考虑申请前，先对公司的法人代表及其他关键人员进行严格的背景审查和政治审查，以确保符合所有申请条件。