临时用地中的房屋协议搬迁，其合法性需根据具体情况来判断。以下从多个角度进行分析：
一、协议搬迁的合法性基础
双方自愿原则：协议搬迁的核心在于双方自愿，即土地使用者与房屋所有权人或使用权人通过协商，就搬迁补偿、安置等事宜达成一致意见，并签订书面协议。这种基于自愿的协议搬迁，在符合法律法规的前提下，是合法的。
法律法规依据：虽然直接的法律法规可能并未明确提及“临时用地中的房屋协议搬迁”，但根据《土地管理法》、《城乡规划法》等相关法律法规的精神，土地使用者在使用土地时，应尊重土地上的附着物（包括房屋）的所有权人或使用权人的权益，通过协商达成搬迁协议是符合法律原则的。
二、协议搬迁需满足的条件
合法用地手续：临时用地必须依法取得用地手续，包括用地审批、规划许可等。只有合法取得的临时用地，其上的房屋协议搬迁才具有合法性基础。
合理补偿安置：协议搬迁必须确保房屋所有权人或使用权人得到合理的补偿和安置。补偿标准应参照当地类似房屋的市场价格，安置方案应满足被搬迁人的基本生活需求。
程序合法：协议搬迁应遵循法定程序，包括协商、签订协议、公告、实施搬迁等。任何违反法定程序的搬迁行为都可能被视为非法。
三、可能存在的非法情形
强制搬迁：如果土地使用者未经房屋所有权人或使用权人同意，擅自进行搬迁或拆除房屋，这种行为是违法的。即使土地使用者认为搬迁是必要的，也必须通过合法途径（如申请法院强制执行）来实现。
补偿不合理：如果协议搬迁中的补偿标准明显低于市场价格，或者安置方案无法满足被搬迁人的基本生活需求，这种搬迁行为也可能被视为非法。
程序违法：如未按照法定程序进行协商、签订协议、公告等，或者未取得必要的用地手续和规划许可，都可能导致协议搬迁的非法性。
四、法律建议
核实用地手续：在面临临时用地中的房屋协议搬迁时，首先应核实土地使用者的用地手续是否合法有效。
协商补偿安置：与土地使用者进行协商，确保得到合理的补偿和安置。如果对补偿标准或安置方案有异议，可以寻求专业律师的帮助进行谈判或调解。
关注程序合法性：密切关注协议搬迁的程序是否合法，包括协商、签订协议、公告等环节。如果发现程序违法，可以及时向相关部门举报或寻求法律救济。
保留证据：在协议搬迁过程中，应保留好相关证据，如用地手续、补偿协议、安置方案等。这些证据在后续可能出现的法律纠纷中将起到关键作用。
如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。我会根据你的具体情况，提供专业的法律意见和解决方案。