结论：单位报案扰乱单位秩序与员工报案被殴打是否需要分别立案，这主要取决于两个案件之间的关联性以及各自是否构成独立的犯罪事实。若两起案件相互独立，则通常需要分别立案；若存在紧密关联，则可能合并处理，但具体还需根据案件实际情况和法律规定来判断。
分析说明
案件独立性判断：
- 独立案件：如果单位报案的扰乱单位秩序行为与员工报案的被殴打行为是两个完全独立的事件，即没有直接的因果关系或关联性，且各自都构成了独立的犯罪事实（如扰乱单位秩序可能构成寻衅滋事罪，被殴打可能构成故意伤害罪），那么公安机关通常会分别立案进行调查。
- 关联案件：如果两起案件之间存在紧密的关联性，比如被殴打行为是扰乱单位秩序行为的一部分或结果，或者两者在时间、地点、人物等方面存在高度重合，那么公安机关可能会考虑将两起案件合并处理，以便更全面地查明事实真相。
法律程序与规定：
- 根据《中华人民共和国刑事诉讼法》的相关规定，公安机关在接到报案后，应当迅速进行审查，认为有犯罪事实需要追究刑事责任的时候，应当立案。因此，是否立案以及如何立案，主要取决于案件是否构成犯罪以及犯罪事实的清晰程度。
- 在实际操作中，公安机关会根据案件的具体情况，结合相关法律法规和司法解释，进行综合判断和决策。
实际操作建议：
- 对于单位：如果认为员工的被殴打行为与扰乱单位秩序行为有关联，且可能构成犯罪，可以向公安机关提供详细的证据和线索，以便公安机关进行全面调查。
- 对于员工：如果认为自己被殴打的行为构成犯罪，且与扰乱单位秩序行为无关，可以单独向公安机关报案，并提供相关证据和线索。
- 共同点：无论是单位还是员工，在报案时都应尽可能提供详细、准确的证据和线索，以便公安机关能够迅速、准确地查明事实真相，并依法作出处理。
特殊场景
- 如果两起案件涉及同一嫌疑人：即使两起案件在表面上看起来相互独立，但如果涉及同一嫌疑人，且嫌疑人的行为可能同时构成两个或多个犯罪，那么公安机关在立案时可能会更加谨慎地考虑案件之间的关联性，以及是否需要合并处理。
- 如果案件涉及复杂法律关系：如涉及多个罪名、多个被害人或多个犯罪地点等复杂情况，公安机关在立案时可能会进行更加深入的调查和审查，以确保案件的准确性和公正性。
结论补充说明
在实际操作中，是否分别立案还受到公安机关办案资源、案件紧急程度等多种因素的影响。因此，如果面临此类情况，建议及时与公安机关沟通，了解案件进展和立案情况，并根据需要提供进一步的证据和线索。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询，我会根据具体情况提供专业的法律意见。