结论：股东借款跨年不还，再补充借款协议还款是可以的，但需要注意协议内容合法合规，并确保符合相关法律法规的要求，以避免潜在的法律风险。
分析说明：
协议的有效性：
- 股东之间或股东与公司之间的借款协议，只要双方意思表示真实，内容不违反法律、行政法规的强制性规定，即具有法律效力。因此，即使借款已经跨年，双方仍然可以补充签订借款协议，明确还款期限、利息等条款。
法律合规性：
- 在补充借款协议时，应确保协议内容符合《中华人民共和国民法典》中关于借款合同的规定，特别是关于利息、还款期限、违约责任等条款的约定。
- 如果借款涉及公司资金，还需要考虑公司章程、股东会决议等内部规定，确保借款行为得到公司内部的合法授权。
潜在风险：
- 补充借款协议虽然可以明确双方的权利义务，但如果原借款已经存在纠纷或潜在风险（如借款用途不合法、公司资金被滥用等），补充协议可能无法完全规避这些风险。
- 如果借款涉及大额资金或长期借款，建议咨询专业律师，对协议内容进行全面审查，以确保合法合规。
后续建议：
完善协议内容：
- 在补充借款协议时，应详细约定借款金额、利息、还款期限、还款方式、违约责任等条款，确保协议内容明确、具体、可执行。
保留相关证据：
- 双方应保留好借款协议、转账记录、聊天记录等相关证据，以备在发生纠纷时作为证明。
及时履行协议：
- 双方应按照协议约定及时履行还款义务，避免产生逾期利息或违约责任。
咨询专业律师：
- 如果对借款协议的内容或法律合规性存在疑问，建议咨询专业律师，以确保协议内容合法合规，并有效维护自身权益。
特殊场景提醒：
- 如果借款涉及公司资金，且公司章程或股东会决议对借款有特别规定，补充借款协议前应确保获得公司内部的合法授权，避免违反公司规定或损害其他股东利益。
如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律建议。