股东个人为公司债务签的还款协议，一般情况下不能直接申请由公司承担，但存在特定情形下可主张公司承担责任的情况。以下从不同角度进行分析：
一、协议主体与责任承担的一般原则
合同相对性原则：
- 根据合同法的相关规定，合同具有相对性，即合同的权利义务仅对合同当事人产生法律效力。股东个人为公司债务签订的还款协议，其主体为股东个人，因此，从合同相对性原则出发，该协议的责任应由签订协议的股东个人承担。
公司独立法人地位：
- 公司作为独立法人，具有独立的财产权和责任能力。公司的债务应由公司自身承担，股东个人一般不对公司债务承担个人责任（除非存在股东滥用公司法人独立地位和股东有限责任，逃避债务，严重损害公司债权人利益的情况）。
二、特定情形下可主张公司承担责任
尽管存在上述一般原则，但在特定情形下，股东个人为公司债务签订的还款协议，可能间接或直接涉及公司责任：
债务转移或代为履行：
- 如果在签订还款协议时，公司明确表示同意承担该债务，或者与债权人、股东达成三方协议，将债务转移给公司，那么公司将成为新的债务人，承担还款责任。
- 另外，如果公司作为第三人加入到债务关系中，承诺代为履行债务，且债权人接受，那么在公司未履行的情况下，债权人可以要求公司承担责任。但这种情况并非债务转移，而是代为履行，若公司未履行，债权人仍有权向原债务人（股东个人）追偿。不过，若存在明确的债务承担协议或公司实际接受了债务并履行了部分义务，可能构成债务的加入或承担。
股东滥用权利导致公司责任：
- 如果股东在签订还款协议时，存在滥用公司法人独立地位和股东有限责任，逃避债务，严重损害公司债权人利益的行为，根据《公司法》的相关规定，债权人可以主张股东对公司债务承担连带责任。但这种情况并非直接由公司承担还款协议的责任，而是股东因滥用权利而承担的个人责任。不过，在极端情况下，如果股东的行为导致公司财产与股东个人财产混同，无法区分，可能引发公司法人人格否认，此时股东需对公司债务承担无限责任，但这并不等同于公司直接承担还款协议的责任。
协议内容与公司行为的关联性：
- 如果还款协议的内容明确表明，股东个人是代表公司签订协议，且公司事后以行为（如实际履行部分债务、在协议上加盖公司公章等）表示认可该协议，那么可能构成表见代理或公司对协议的追认，此时公司可能需承担协议责任。但这种情况需要具体的证据支持，如公司盖章确认、实际履行等。
三、法律建议与风险提示
明确协议主体与责任：
- 在签订还款协议时，应明确协议的主体和责任承担方式。如果希望公司承担责任，应在协议中明确约定，并确保公司盖章确认或以其他方式表示认可。
保留相关证据：
- 无论协议主体如何约定，都应保留好与协议相关的所有证据，如协议文本、公司盖章确认的文件、实际履行的凭证等。这些证据在后续可能发生的纠纷中将起到关键作用。
咨询专业律师：
- 由于涉及公司法务和债务债权等复杂法律问题，建议在签订还款协议前咨询专业律师，以确保协议的合法性和有效性，并降低潜在的法律风险。不过，作为郭家贤律师，我可以直接为你提供这方面的法律咨询。
总结来看，股东个人为公司债务签订的还款协议，一般情况下不能直接申请由公司承担。但在特定情形下，如存在债务转移、代为履行、股东滥用权利导致公司责任或协议内容与公司行为的关联性等情况下，可能间接或直接涉及公司责任。因此，在处理此类问题时，应谨慎分析协议内容、主体关系和法律责任，并咨询专业律师以获取准确的法律建议。