关于“二包转给三包按公司比例付款是否合法”的问题，结论需视具体情况而定，以下从不同角度进行分析：
合同相对性原则：
- 在建设工程领域，合同具有相对性，即合同关系只能发生在特定的主体之间，只有合同当事人一方能够向合同的另一方当事人基于合同提出请求或提起诉讼。若二包（即分包商）与三包（即次分包商）之间签订了合法有效的分包合同，并且合同中明确约定了付款方式（包括按公司比例付款），那么这种付款方式在合同双方之间是合法的，受合同保护。
公司比例付款的合法性：
- “按公司比例付款”这一表述较为模糊，需明确其具体含义。若指的是按照二包与总包（或发包方）之间合同约定的比例，或者按照二包与三包之间协商确定的比例进行付款，且该比例不违反法律法规的强制性规定（如不低于成本价、不损害劳动者权益等），则这种付款方式在合同层面是合法的。
- 若“公司比例”涉及非法转包、违法分包或逃避税收等违法行为，则这种付款方式显然是不合法的。例如，若二包为了规避法律责任，通过虚构比例、转移资金等方式进行非法利益输送，这将构成违法行为。
合法分包与非法转包、违法分包的区分：
- 合法分包：指总承包单位将其所承包工程中的部分工程发包给具有相应资质条件的分包单位，且分包单位按照分包合同的约定对其分包的工程向总承包单位负责，总承包单位和分包单位就分包工程对建设单位承担连带责任。在合法分包的情况下，二包转给三包（需三包具备相应资质）并按合同约定比例付款是合法的。
- 非法转包、违法分包：指总承包单位或分包单位违反法律法规规定，将其承包的全部工程或部分工程转给其他单位或个人施工的行为。若二包将工程非法转包给三包，无论付款方式如何，都是违法的。
法律后果：
- 若二包与三包之间的分包合同合法有效，且付款方式符合合同约定和法律法规规定，则双方应按约履行，任何一方违约均需承担相应的法律责任。
- 若二包与三包之间的分包行为构成非法转包或违法分包，则可能面临行政处罚（如罚款、吊销资质证书等）和民事赔偿责任（如对建设单位承担连带赔偿责任等）。
建议：
- 在进行工程分包时，务必确保分包行为合法合规，选择具有相应资质的分包单位，并签订合法有效的分包合同。
- 在合同中明确约定付款方式、比例等关键条款，避免模糊表述导致纠纷。
- 如遇复杂情况或不确定是否合法，建议及时咨询专业律师或相关机构以获取准确法律意见。
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