结论：和分包签订付款协议，并约定按照公司付款比例进行付款，这种做法在法律上是可行的，但具体实施时需注意协议内容的合法性和合理性，以及可能涉及的法律风险。

分析说明：

1. 协议合法性：

   • 付款协议作为双方意思表示的载体，只要内容不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，即具有法律效力。因此，和分包签订付款协议，并约定按照公司付款比例进行付款，从法律原则上讲是可行的。

2. 协议内容合理性：

   • 付款比例应明确具体，避免模糊不清导致后续争议。例如，可以明确约定“甲方（总包方）按照其从建设单位（或业主）处收到的工程款比例，向乙方（分包方）支付相应比例的工程款”。
   • 协议中应明确付款条件、付款时间、付款方式等关键条款，以确保双方权益得到保障。

3. 法律风险防控：

   • 总包方付款能力风险：如果总包方从建设单位处收到的工程款不足或延迟，可能导致分包方无法按时收到相应比例的工程款。因此，分包方在签订协议时，应评估总包方的付款能力和信誉。
   • 协议履行风险：双方应严格按照协议约定履行付款义务。如一方违约，另一方有权依据协议约定追究违约责任。为降低风险，可以在协议中约定违约金、赔偿损失等条款。
   • 法律变更风险：建设工程领域的相关法律法规可能发生变化，影响付款协议的履行。因此，双方应关注法律动态，及时调整协议内容以适应法律变化。

实际操作建议：

• 明确协议条款：在签订付款协议时，务必明确付款比例、付款条件、付款时间、付款方式等关键条款，避免模糊不清导致后续争议。
• 评估对方信誉：在签订协议前，对总包方的付款能力和信誉进行评估，以降低付款风险。
• 关注法律动态：双方应关注建设工程领域的相关法律法规动态，及时调整协议内容以适应法律变化。
• 保留证据：在协议履行过程中，双方应妥善保留相关证据，如付款凭证、收款确认书等，以备不时之需。

特殊情况说明：

• 如果分包方对总包方的付款能力存在疑虑，可以考虑在协议中约定由总包方提供担保（如银行保函、第三方担保等）以保障分包方的权益。
• 如果协议履行过程中出现争议，双方应首先通过友好协商解决；协商不成的，可以依据协议约定向仲裁机构申请仲裁或向人民法院提起诉讼。

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