承包方可以和分包商约定以发包方付款比例支付分包商款项，但这一约定需建立在明确、合法且公平的合同基础之上。以下是对此问题的详细分析：
一、合同相对性原则与支付约定
根据《中华人民共和国民法典》及相关法律法规，合同是当事人之间设立、变更、终止民事法律关系的协议。在建筑工程领域，发包方、承包方和分包方之间的款项支付关系应基于各自签订的合同来确定。因此，承包方与分包商之间可以就工程款支付方式、比例等关键条款进行协商，并签订明确的支付协议。
二、支付协议的要点与考虑因素
支付前提条件：
- 承包方与分包商可以约定，分包商的工程款支付以发包方支付给承包方相应工程款为前提条件。这种约定在一定程度上可以保障承包方的资金流，但也可能给分包商带来资金压力。
支付比例与方式：
- 协议中应明确承包方在收到发包方工程款后，应按照何种比例和方式向分包商支付分包工程款。这有助于确保分包商能够及时、足额地收到工程款。
支付时间节点：
- 协议中应详细列出发包方支付给承包方的具体时间节点，以及承包方在收到每笔工程款后向分包商支付分包工程款的时间。这有助于避免支付延误和纠纷。
违约责任：
- 协议中应明确各方违约时的责任承担方式，包括违约金、损失赔偿等。这有助于增强合同的约束力，保障各方的合法权益。
三、特殊情况的处理与建议
发包方支付不足：
- 如发包方支付的工程款不足以覆盖承包方应支付给分包商的全部款项，各方应通过友好协商寻求解决方案。例如，可以调整支付比例、延长支付期限或寻求其他融资方式。
承包方经营问题：
- 如承包方因经营问题无法按时支付分包商款项，分包商有权要求承包方承担违约责任，并寻求法律手段维护自身权益。同时，承包方也应积极与发包方沟通，争取尽快解决资金问题。
四、操作建议与总结
合同签订前：
- 承包方与分包商应充分协商，明确款项支付的时间、方式和标准等关键条款。确保合同内容合法、明确且公平。
合同履行过程中：
- 各方应保持密切沟通和协作，共同推动工程顺利进行。如遇问题，应及时沟通并协商解决。
法律手段：
- 在必要时，各方可寻求专业法律意见的帮助，采取法律手段维护自身权益。例如，在协商不成时，可考虑提起诉讼或申请仲裁。
综上所述，承包方与分包商之间可以约定以发包方付款比例支付分包商款项，但这一约定需建立在明确、合法且公平的合同基础之上。各方应严格遵守合同约定，诚信履行各自义务，确保工程款的合理支付和工程的顺利进行。