甲方与总包及分包可以签订三方协议进行支付，但需满足一定条件并遵循相关法律规定。以下从不同角度对此问题进行分析：
一、法律可行性
合同自由原则：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同当事人在不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗的前提下，享有自愿订立合同的权利。因此，甲方、总包和分包三方在平等、自愿的基础上，可以协商签订三方协议，就支付事宜进行约定。
三方协议的法律效力：
- 三方协议一旦签订，即对三方均具有法律约束力。各方应按照协议约定履行各自的义务，包括支付款项、提供服务等。若一方违约，其他方有权依据协议约定追究其违约责任。
二、实际操作中的注意事项
明确协议内容：
- 三方协议应明确约定各方的权利义务，包括支付金额、支付方式、支付时间、违约责任等。确保协议内容具体、明确，避免产生歧义或纠纷。
确保合法合规：
- 协议内容应符合相关法律法规的规定，不得违反法律、行政法规的强制性规定。例如，支付条款应符合税收法规、财务制度等要求。
考虑风险防控：
- 在签订三方协议时，应充分考虑可能存在的风险，并制定相应的防控措施。例如，可以约定在特定情况下（如分包方违约）甲方有权直接向总包方支付款项，以保障工程进度和质量。
三、可能的法律后果
违约责任：
- 若一方未按照三方协议的约定履行支付义务，其他方有权要求其承担违约责任。违约责任的形式可能包括支付违约金、赔偿损失等。
协议解除或终止：
- 在特定情况下（如一方严重违约、不可抗力等），其他方有权解除或终止三方协议。解除或终止协议后，各方应按照协议约定或法律规定处理后续事宜。
四、建议与操作流程
协商签订：
- 甲方、总包和分包应就支付事宜进行充分协商，达成一致意见后签订三方协议。
法律审查：
- 在签订三方协议前，建议各方咨询专业律师进行法律审查，确保协议内容合法合规、无歧义。
履行与监督：
- 协议签订后，各方应按照协议约定履行各自的义务。同时，可以约定由一方或第三方对协议履行情况进行监督，确保协议得到有效执行。
总结来看，甲方与总包及分包可以签订三方协议进行支付，但需确保协议内容合法合规、明确具体，并充分考虑可能存在的风险。在签订协议前，建议咨询专业律师进行法律审查。若您在此方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。