公司与公司之间签署的内部转包协议，其合法性需根据具体情况及法律规定来判断，不能一概而论。以下是从不同角度对这一问题的详细分析：
合法情形
符合法律法规的转包：
- 如果内部转包行为符合相关法律法规的规定，比如转包内容不违反法律的强制性规定，转包程序合法（如经过了必要的审批或备案），且转包双方具备相应的民事行为能力，那么这样的内部转包就是合法的。
- 例如，在某些大型工程项目中，总承包商可能因资源或专业限制，将部分工程转包给具有相应资质的分包商，只要这种转包行为符合《建筑法》等相关法律法规的规定，就是合法的。
基于有效合同的转包：
- 如果内部转包是基于双方真实意思表示，且内容不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗的有效合同，那么这种转包行为也是合法的。
- 合同中应明确转包的范围、期限、费用等关键条款，以确保双方权益得到保障。
非法情形
违反法律法规的转包：
- 如果内部转包行为违反了法律的强制性规定，比如转包给了不具备相应资质的单位或个人，或者转包内容属于法律禁止转包的范畴（如某些特定行业的核心业务），那么这种转包就是非法的。
- 例如，将建筑工程的主体结构施工转包给无资质的个人或单位，就是违法的。
损害第三方利益的转包：
- 如果内部转包行为损害了第三方（如原合同相对方、消费者等）的合法权益，那么这种转包也可能被视为非法。
- 例如，在消费者合同中，如果供应商未经消费者同意，擅自将合同义务转包给其他供应商，且新供应商的服务质量或产品标准低于原合同约定，就可能损害消费者的利益，从而构成非法转包。
法律建议
- 审查转包合法性：在进行内部转包前，双方应仔细审查转包行为的合法性，确保转包内容、程序等均符合相关法律法规的规定。
- 签订书面合同：双方应签订书面转包合同，明确转包的范围、期限、费用等关键条款，以保障双方权益。
- 遵守合同义务：转包双方应严格遵守合同义务，确保转包行为的顺利进行，并避免因违约行为而引发的法律纠纷。
- 及时咨询专业律师：如果对内部转包的合法性存在疑问，或者在实际操作中遇到了法律问题，建议及时咨询专业律师，以获取专业的法律意见和帮助。
如果有任何关于公司法务或内部转包等法律问题的疑问，可以直接向我咨询。我会根据你的具体情况，提供专业的法律意见和帮助。