结论：车辆自燃造成货损，车辆挂靠公司是否承担赔偿责任，需根据具体情况判断，主要包括挂靠协议的约定、挂靠公司是否存在过错以及法律规定的责任承担方式等因素。以下从不同角度进行详细分析：
一、挂靠协议的约定
有明确约定：
- 如果挂靠协议中明确约定了车辆自燃造成货损时，挂靠公司应承担的责任，那么双方应按照协议约定履行。例如，协议中可能规定挂靠公司需对车辆进行定期维护检查，若因未履行该义务导致车辆自燃，挂靠公司应承担相应的赔偿责任。
无明确约定或约定不明：
- 若挂靠协议中未明确约定车辆自燃造成货损的责任承担方式，或约定不明确，则需要根据法律规定和实际情况进行判断。
二、挂靠公司是否存在过错
挂靠公司存在过错：
- 如果车辆自燃是由于挂靠公司的过错导致的，如未对车辆进行必要的维护检查、未提供符合安全标准的车辆等，那么挂靠公司应承担相应的赔偿责任。
- 例如，挂靠公司未按照约定对车辆进行定期保养，导致车辆电路老化引发自燃，造成货损，此时挂靠公司应承担赔偿责任。
挂靠公司无过错：
- 如果车辆自燃是由于不可抗力、货物自身性质或第三人原因等非挂靠公司过错导致的，那么挂靠公司可能不承担赔偿责任。
- 例如，车辆在行驶过程中因雷击引发自燃，造成货损，此时挂靠公司若已尽到合理的维护检查义务，则可能不承担赔偿责任。
三、法律规定的责任承担方式
挂靠公司与实际车主的连带责任：
- 根据相关法律规定，以挂靠形式从事道路运输经营活动的机动车，发生交通事故造成损害，属于该机动车一方责任的，由挂靠人和被挂靠人承担连带责任。虽然这一规定主要针对交通事故，但类似的原则也可能适用于车辆自燃造成货损的情况，即如果挂靠公司存在过错，可能与实际车主承担连带责任。
保险理赔：
- 如果车辆已投保相关保险，如货物运输保险、车辆损失保险等，那么在车辆自燃造成货损时，可以先向保险公司申请理赔。保险公司根据保险合同的约定进行赔付后，不足部分再由责任方承担。
四、实际操作建议
审查挂靠协议：
- 首先，应仔细审查挂靠协议，了解协议中关于车辆自燃造成货损的责任承担方式的约定。
收集证据：
- 收集与车辆自燃、货损相关的证据，如车辆维护记录、火灾事故认定书、货物价值证明等，以证明挂靠公司是否存在过错以及货损的具体情况。
协商或诉讼：
- 根据证据和法律规定，与挂靠公司进行协商，寻求合理的赔偿方案。如果协商不成，可以向法院提起诉讼，要求挂靠公司承担相应的赔偿责任。
总结：车辆自燃造成货损时，车辆挂靠公司是否承担赔偿责任需根据挂靠协议的约定、挂靠公司是否存在过错以及法律规定的责任承担方式等因素进行综合判断。在实际操作中，建议仔细审查挂靠协议、收集相关证据，并根据情况选择协商或诉讼等方式维护自身权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。