针对公司不合理扣费，劳动者申请劳动仲裁的流程如下：
一、准备阶段
收集证据：
- 劳动合同或劳动关系证明：如工作证、工资条、考勤记录等，以证明你与公司之间存在劳动关系。
- 扣费证据：包括工资单、银行转账记录、公司扣费通知或公告等，以证明公司存在不合理扣费行为。
- 其他相关证据：如与公司沟通的记录、同事证言等，以支持你的主张。
了解法律法规：
- 熟悉《劳动法》、《劳动合同法》等相关法律法规，特别是关于工资支付、扣费规定等条款，以便在仲裁过程中引用。
二、申请仲裁
提交仲裁申请：
- 劳动者应向公司所在地的劳动争议仲裁委员会提交仲裁申请，并附上相关证据材料。
- 仲裁申请应明确请求事项，如要求公司返还被不合理扣费的金额、支付经济补偿等。
填写仲裁申请书：
- 仲裁申请书应详细陈述事实与理由，包括公司不合理扣费的具体情况、时间、金额等。
- 附上相关证据材料的清单，并注明证据的来源和证明目的。
三、仲裁过程
仲裁受理：
- 劳动争议仲裁委员会在收到仲裁申请后，会进行审查，并在一定期限内决定是否受理。
- 如果受理，会向双方当事人发出受理通知书和开庭通知书。
开庭审理：
- 仲裁庭会按照开庭通知书上的时间、地点进行开庭审理。
- 双方当事人应按时出庭，并陈述自己的主张和提供证据。
- 仲裁庭会进行调解，如果调解不成，会进行裁决。
仲裁裁决：
- 仲裁庭在审理结束后，会根据事实和法律法规作出裁决。
- 裁决书会明确双方当事人的权利和义务，包括公司是否应返还被不合理扣费的金额等。
四、后续行动
执行裁决：
- 如果公司不履行仲裁裁决，劳动者可以向人民法院申请强制执行。
- 人民法院会依法对公司的财产进行查封、扣押或拍卖等措施，以强制执行裁决。
法律救济：
- 如果劳动者对仲裁裁决不服，可以在收到裁决书之日起十五日内向人民法院提起诉讼。
- 人民法院会依法进行审理，并作出判决。
五、特别提示
- 时效性：劳动者应在知道或应当知道公司不合理扣费之日起一年内申请劳动仲裁，以免超过时效而丧失维权机会。
- 专业性：劳动仲裁涉及法律程序和专业知识，如果劳动者不熟悉相关流程，可以寻求专业律师的帮助，以确保自己的权益得到充分保障。
在申请劳动仲裁过程中，如果遇到任何问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。我会根据你的具体情况，提供详细的法律建议和指导。