针对您提出的“公开采购成交通知书采购人业主单位变为代理公司怎么办”这一问题，我的结论是，这需要根据具体情况来判断并采取相应的法律措施。以下是我从不同角度为您进行的分析：
合同主体变更的合法性审查：
- 首先，需要审查公开采购的招标文件、中标通知书以及后续可能签订的合同中，是否明确规定了采购人（业主单位）可以变更为代理公司的条款。如果合同或招标文件中有明确规定，并且这种变更符合法律法规的规定（如经过了必要的审批程序、通知了所有相关方等），那么这种变更可能是合法的。
- 如果合同或招标文件中没有相关规定，或者变更程序不符合法律法规的要求，那么这种变更可能是不合法的。在这种情况下，您有权对变更提出异议，并要求按照原合同或招标文件的规定执行。
法律后果与应对措施：
- 如果变更合法：您可能需要与新的采购人（代理公司）重新协商合同条款，确保您的权益不受损害。如果协商不成，您可以考虑根据合同中的争议解决条款（如仲裁或诉讼）来维护自己的权益。
- 如果变更不合法：您有权拒绝承认这种变更，并要求原采购人（业主单位）继续履行合同义务。如果原采购人拒绝履行，您可以向相关部门投诉或提起诉讼，要求赔偿因变更给您造成的损失。
实际操作建议：
- 收集证据：无论变更是否合法，您都应该尽快收集相关证据，包括招标文件、中标通知书、合同文本、变更通知等，以备不时之需。
- 咨询专业意见：由于公开采购涉及复杂的法律法规和程序要求，我建议您在采取任何行动之前，先咨询专业的法律意见。作为专注于交通运输领域的律师，我可以为您提供详细的法律分析和建议。
- 保持沟通：与采购人（无论是原业主单位还是变更后的代理公司）保持沟通，了解变更的具体原因和背景，有助于您更好地应对这种情况。
在处理此类问题时，您还需要注意以下几点：
- 及时性：一旦发现采购人发生变更，您应尽快采取行动，以免错过维权时机。
- 合法性：在采取任何行动之前，确保您的行为符合法律法规的要求，避免因违法行为而承担不必要的法律责任。
- 专业性：由于公开采购涉及的专业知识较多，我建议您在处理此类问题时寻求专业律师的帮助，以确保您的权益得到充分保护。
最后，如果您在处理此类问题时遇到任何困难或疑问，欢迎直接向我咨询。作为专注于交通运输领域的律师，我将竭诚为您提供专业的法律服务。