针对您提出的“企业缴纳投标保证金但招标后招标代理单位不予退还，应以什么案由起诉”的问题，以下是我的详细解答：
结论前置：在此类情况下，您可以选择以“不当得利纠纷”或“合同纠纷”作为案由向法院提起诉讼，具体取决于您与招标代理单位之间的法律关系及实际情况。
一、不当得利纠纷
法律依据：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，不当得利是指得利人没有法律根据取得不当利益的，受损失的人可以请求得利人返还取得的利益。
适用情形：
- 如果您已按照招标文件的要求正确提交了投标保证金，且在投标有效期内未出现违反招标文件规定的行为，那么招标代理单位在招标结束后无正当理由不予退还保证金，即构成了不当得利。
起诉要点：
- 在起诉状中，您需要明确阐述招标保证金的缴纳过程、应退还的依据以及招标代理单位拒绝退还的情况。
- 提供保证金缴纳凭证、招标文件等相关证据材料，以证明您的合法权益。
二、合同纠纷
法律依据：
- 如果招标文件中明确规定了保证金的退还条件、时间等条款，且招标代理单位未按照约定履行退还义务，那么您可以依据《中华人民共和国民法典》中关于合同的规定，以合同纠纷为由提起诉讼。
适用情形：
- 当招标文件作为双方之间的合同，对保证金的退还等事项有明确约定时，招标代理单位的行为即构成了违约。
起诉要点：
- 在起诉状中，您需要详细引用招标文件中的相关条款，说明招标代理单位未按照约定履行退还义务的情况。
- 提供招标文件、保证金缴纳凭证、与招标代理单位沟通保证金退还事宜的记录等证据材料，以支持您的诉求。
三、起诉流程与注意事项
起诉流程：
- 撰写起诉状，明确列出原告和被告的基本信息、诉讼请求、事实与理由等。
- 准备证据材料，包括保证金缴纳凭证、招标文件、沟通记录等。
- 选择有管辖权的法院（一般遵循“原告就被告”原则，或根据招标文件中的约定选择法院，也可以选择向工程所在地的人民法院提起诉讼）递交起诉状及证据材料。
- 法院受理案件后，缴纳诉讼费并等待开庭审理。
注意事项：
- 在起诉前，应充分了解相关法律法规，确保自身诉求的合法性。
- 起诉过程中，应积极配合法院的调查与审理工作，及时提供证据材料。
- 若涉及金额较大或案情复杂，建议寻求专业法律帮助，以提高胜诉几率。
综上所述，您可以根据实际情况选择以“不当得利纠纷”或“合同纠纷”作为案由向法院提起诉讼。在起诉过程中，务必准备充分的证据材料，并遵循法定程序进行诉讼。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。