免于行政处罚的情况下，违法工具是否没收需分情况讨论，具体如下：

1. 法律明确规定应当没收的情形
   根据《行政处罚法》第二十八条第二款，即使当事人违法行为轻微且免于行政处罚，若法律、行政法规明确规定“应当没收违法工具”的（如赌博工具、非法捕捞器具等），行政机关仍需依法没收。例如，《渔业法》第三十八条规定，使用炸鱼、毒鱼等破坏渔业资源方法捕捞的，除罚款外必须没收渔具。

2. 法律未明确规定或免于没收的情况
   若法律未明确要求没收违法工具，且符合《行政处罚法》第三十三条“初次违法且危害后果轻微并及时改正”的免罚条件，行政机关可结合以下因素综合判断：

   • 工具与违法行为的关联性：若工具专用于违法行为（如伪造公章的设备），即使免罚也可能没收；若为通用工具（如个人电脑被临时用于发送违法信息），通常不予没收。
     
   • 社会危害性：若工具存在持续危害风险（如未经注册的医疗器械），可能没收以消除隐患；若危害已消除（如已销毁的盗版光盘母盘），则无需没收。
     
   • 比例原则：行政机关需权衡没收工具对当事人权益的影响与行政目的的必要性，避免过度处置。

3. 特殊程序要求
   即使决定没收，行政机关也需遵循法定程序：

   • 制作《证据登记保存清单》或《先行登记保存证据通知书》，明确工具名称、数量、特征；
     
   • 告知当事人陈述、申辩权利；
     
   • 在法定期限内作出处理决定（如没收、返还或移送其他部门）。

建议：若您面临此类情况，可要求行政机关出具书面处理依据，并核对是否符合上述条件。如有争议，可依法申请行政复议或提起行政诉讼。具体案件需结合工具性质、违法情节及地方性法规进一步分析，您可直接向我咨询细节。