行政处罚案件中，第三人所有的作案工具能否被没收，需根据具体情况及法律规定来判断，一般情况下，若该工具被认定为违法行为的直接工具或证据，且符合没收条件，则可以被没收。以下从不同角度进行分析：
一、作案工具的性质与没收条件
作案工具的定义：
- 作案工具通常指的是在实施违法行为过程中所使用的物品或设备，这些工具直接或间接地促进了违法行为的完成。
没收的条件：
- 根据《行政处罚法》及相关法律法规，行政机关在查处违法行为时，有权对与违法行为直接相关的物品进行没收。这通常包括用于违法行为的工具、设备、原料等。
- 没收作案工具的前提是该工具与违法行为有直接关联，且没收行为符合法律规定的程序和条件。
二、第三人所有作案工具的没收问题
所有权与使用权的分离：
- 即使作案工具属于第三人所有，但如果该工具被违法行为人用于实施违法行为，且第三人对此知情或应当知情，那么该工具仍可能被视为违法行为的直接工具或证据。
- 在这种情况下，行政机关有权根据法律规定对该工具进行没收，无论其所有权归属如何。
第三人的责任与权益：
- 如果第三人对违法行为不知情，且没有过错，那么其所有权可能受到法律保护。但在实际操作中，证明第三人不知情且无过错可能较为困难。
- 如果第三人能够证明其对违法行为不知情且没有过错，那么其有权要求行政机关返还被没收的工具，或者通过法律途径维护自己的权益。
三、实际操作中的考虑因素
证据的充分性：
- 行政机关在决定没收作案工具时，必须确保有充分的证据证明该工具与违法行为有直接关联。
- 如果证据不足或存在争议，那么没收行为可能面临法律挑战。
程序合法性：
- 没收作案工具必须遵循法律规定的程序，包括告知当事人权利、听取陈述申辩、制作没收决定书等。
- 如果程序不合法，那么没收行为可能被撤销或宣告无效。
四、法律建议
对于行政机关：
- 在查处违法行为时，应仔细审查作案工具的所有权和使用情况，确保没收行为符合法律规定和程序要求。
- 如果涉及第三人所有的作案工具，应谨慎处理，避免侵犯第三人的合法权益。
对于第三人：
- 如果自己的工具被错误没收或认为没收行为不合法，应及时向行政机关提出异议或申请行政复议、提起行政诉讼等法律途径维护自己的权益。
举例说明：假设某案件中，违法行为人使用了第三人所有的车辆进行违法运输活动。如果行政机关能够证明该车辆确实被用于违法行为，且第三人对此知情或应当知情，那么行政机关有权对该车辆进行没收。但如果第三人能够证明自己对违法行为不知情且没有过错，那么其有权要求行政机关返还车辆或通过法律途径解决争议。
综上所述，行政处罚案件中第三人所有的作案工具能否被没收需根据具体情况及法律规定来判断。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。