关于“没收扣押在案的作案工具如何处罚”的问题，这实际上涉及到的是法院对作案工具的处理方式，而非直接的“处罚”行为本身。不过，我可以根据相关法律法规，为您详细解释作案工具在没收后的处理流程及原则。

首先，我们需要明确的是，根据《中华人民共和国刑法》第六十四条和《中华人民共和国行政处罚法》的相关规定，违禁品和供犯罪所用的本人财物，在法院判决后，是应当予以没收的。这些没收的财物，其处理方式有着严格的法律规定，以确保处理的合法性和合理性。

具体来说，作案工具的处理方式主要包括以下几种：

1. 上缴国库：

   • 对于具有经济价值的作案工具，如贪污、受贿犯罪中的非法所得财物（现金、贵重首饰、高档电子产品等），以及走私犯罪中的走私物品，在没收后将上缴国库，作为国家财政收入的一部分。这是依据《刑法》第六十四条的明确规定。

2. 销毁：

   • 对于具有危险性、无法再合法使用或没有保留价值的作案工具，如毒品犯罪中的吸毒、贩毒器具，非法制造枪支犯罪中的枪支及制造设备，将采取销毁的处理方式。这是为了防止这些工具再次被用于违法犯罪活动，其法律依据包括《公安机关办理刑事案件程序规定》等相关法规。

3. 拍卖或依法处置：

   • 对于可以拍卖的作案工具，如某些具有市场价值的物品，将按照国家规定进行公开拍卖，拍卖所得款项上缴国库。对于其他需要依法处置的作案工具，如涉及特定用途或国家秘密的特殊物品，将依据相关法律法规进行特殊处理。这一处理方式依据的是《中华人民共和国行政处罚法》第七十四条的相关规定。

4. 特殊情况处理：

   • 对于易腐烂变质、价值不大或保管成本过高的作案工具，可能会依法先行处理变现。同时，涉及国家机密的电子设备或具有重要科研价值的生物样本等特殊物品，将采取特殊措施确保安全处理，防止信息泄露或不当利用。

在执行过程中，法院会明确作案工具的范围和没收决定，执行机关则依据生效判决对被认定的作案工具进行清查和扣押。随后，会对作案工具的性质、归属进行严格审查，确保没收的准确性和合法性。若涉及第三人对作案工具主张权利，还需通过法定程序进行审查处理。整个执行过程需严格遵守法律程序，并制作相关执行文书以保障当事人的合法权益。

综上所述，没收扣押在案的作案工具并非直接进行“处罚”，而是依据法律法规进行严格处理，旨在防止其再次被用于违法犯罪活动，维护社会安全和公共利益。处理方式包括上缴国库、销毁、拍卖或依法处置等，具体取决于作案工具的性质和价值。希望这一解释能对您有所帮助。