结论：借款第三天支付半年利息是否合法，需结合具体情况判断，主要看利息是否超过法定上限以及支付方式是否符合法律规定。以下从不同角度详细分析：

一、利息的合法性判断

1. 法定利率上限：

   • 根据《最高人民法院关于审理民间借贷案件适用法律若干问题的规定》，民间借贷的利率保护上限为合同成立时一年期贷款市场报价利率（LPR）的四倍。如果支付的半年利息换算成年利率后，未超过这一上限，则是合法的。
   • 计算公式：假设半年利息为I，借款本金为P，则年利率 = (2I / P) × 100%。若此年利率 ≤ 合同成立时一年期LPR的四倍，则合法。

2. 利息支付时间：

   • 利息的支付时间本身并不直接影响其合法性，但需确保利息的计算和支付符合双方约定及法律规定。借款第三天支付半年利息，如果这是双方事先约定的，且利息金额合法，那么这种支付方式在法律上是可行的。

二、支付方式的合法性

1. 预扣利息：

   • 如果借款第三天支付的半年利息实际上是从借款本金中预扣的，即借款人实际收到的款项少于约定的借款本金，那么这种做法可能违反法律规定。根据相关法律，借款的利息不得预先在本金中扣除，利息预先在本金中扣除的，应当按照实际借款数额返还借款并计算利息。

2. 自愿支付：

   • 如果借款人自愿在借款第三天支付半年利息，且没有受到任何胁迫或欺诈，且利息金额合法，那么这种支付方式在法律上是有效的。

三、实际操作建议

1. 审查借款合同：

   • 仔细审查借款合同中的利息条款，确保利息金额和支付方式均符合法律规定。

2. 保留支付凭证：

   • 无论是借款人还是出借人，都应保留好利息支付的凭证，如银行转账记录、收据等，以备不时之需。

3. 咨询专业意见：

   • 如果对利息的合法性或支付方式有疑问，建议咨询专业律师或法律机构，以确保自身权益不受损害。

举例说明：假设借款本金为10万元，合同成立时一年期LPR为3.85%，其四倍为15.4%。如果双方约定的半年利息为7000元（即年利率14%），未超过法定上限，且借款人自愿支付，那么这种支付方式是合法的。但如果半年利息为8000元（即年利率16%），超过了法定上限，那么超出的部分将不受法律保护。

总结：借款第三天支付半年利息的合法性取决于利息金额是否超过法定上限以及支付方式是否符合法律规定。在实际操作中，建议仔细审查借款合同、保留支付凭证，并在有疑问时咨询专业律师。如果你有具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。