罪犯在监狱内聚众修建反改造指挥所属于严重违反监规和法律的行为，司法机关会依法进行严厉惩处，具体处理方式如下：

1. 监狱管理层面
   根据《监狱法》第五十八条，罪犯若有“聚众哄闹监狱，扰乱正常秩序”或“有组织地实施违法犯罪活动”等行为，监狱可对其采取警告、记过、禁闭等处罚措施。若修建“反改造指挥所”涉及组织、策划反改造活动，监狱会立即制止并隔离涉事人员，同时启动调查程序，固定证据（如监控录像、同监室人员证言等）。

2. 刑事追责层面
   若该行为构成犯罪（如聚众扰乱社会秩序罪、破坏监管秩序罪等），监狱会将案件移送检察机关审查起诉。根据《刑法》第三百一十五条，破坏监管秩序罪的构成要件包括“聚众闹事，扰乱正常监管秩序”等情形，可处三年以下有期徒刑。若涉及教唆、组织其他罪犯反抗改造，还可能触犯煽动颠覆国家政权罪或组织、领导、参加恐怖组织罪（视具体行为性质而定），刑罚将更为严厉。

3. 改造措施强化
   除惩罚外，监狱会针对涉事罪犯制定个性化改造方案，例如加强思想教育、心理干预或单独关押，以消除其反改造思想。同时，监狱会排查管理漏洞，防止类似事件再次发生。

法律依据补充：

• 《监狱法》第五十八条明确列举了罪犯不得实施的破坏监管秩序行为，包括“组织其他被监管人破坏监管秩序”等。
  
• 《刑法》第三百一十五条将“聚众闹事、扰乱监管秩序”列为破坏监管秩序罪的典型情形，强调对组织者的严惩。
  

建议：若您或身边人涉及此类案件，需结合具体行为性质（如是否暴力抗改、是否教唆他人）判断法律后果。如有进一步疑问，可直接向我咨询细节。