结论：村组签订协议后未办理设施农用地备案，是否会被罚款需分情况讨论，主要取决于是否违反相关土地管理法规及地方具体规定。

1. 从法律层面分析
   根据《土地管理法》及《自然资源部、农业农村部关于设施农业用地管理有关问题的通知》等规定，设施农用地需依法办理用地备案或审批手续。若村组未履行备案程序即擅自使用土地，可能构成“未批先建”或“非法占地”行为。根据《土地管理法》第七十七条，未经批准非法占用土地的，可能面临责令退还土地、限期拆除或没收地上建筑物、并处罚款等处罚。罚款标准通常按非法占用土地面积计算（如每平方米100元以下），具体由地方自然资源部门裁量。

2. 从地方执行角度分析
   部分省份对设施农用地备案有细化规定（如《XX省设施农业用地管理办法》），可能明确要求备案为用地前置条件。若地方规定将备案与行政处罚直接挂钩，未备案可能直接触发罚款；若地方规定仅以“是否改变土地用途”或“是否造成耕地破坏”为处罚依据，则未备案本身可能不直接导致罚款，但可能面临限期补办手续、警告等行政措施。

3. 从协议效力角度分析
   村组签订的协议若涉及土地使用，其效力需结合《民法典》合同编及土地管理法规判断。若协议内容违反法律强制性规定（如未备案即约定土地使用），可能被认定为部分无效或可撤销，但协议效力问题通常不影响行政机关对违法用地的处罚决定。

建议：

• 立即核查当地设施农用地备案的具体要求（如备案主体、流程、时限），尽快补办手续以降低违法风险；
  
• 若已收到行政处罚通知，可结合用地性质（如是否涉及永久基本农田）、是否符合设施农用地标准等，申请行政复议或提起行政诉讼；
  
• 日常管理中建议建立用地合规审查机制，避免因程序瑕疵引发法律风险。
  

如有进一步细节（如用地类型、地方政策、是否已实际使用土地等），可向我补充说明，以便更精准分析。