设施农用地乡镇审批但未备案，通常会被视为违法行为。以下是对此问题的详细分析：

一、设施农用地的定义与备案要求

设施农用地主要指用于商业性质养殖的家禽畜牧棚舍、工厂化农作物种植以及水产养殖的生产设施等用地。根据现行法规，这类用地必须进行备案，以确保其符合土地利用总体规划和农业产业发展规划，并保障土地资源的合理利用。

二、未备案的法律后果

1. 行政处罚：若设施农用地未经备案，可能触犯土地管理及农业设施建设的相关规定，面临行政处罚。这些处罚可能包括责令整改、罚款等。具体处罚措施会根据未备案的原因、设施农用地的实际用途与规模、对土地产生的影响等多方面因素来评估。

2. 刑事责任：在严重情况下，未备案的设施农用地可能涉及土地违法，用地主体甚至可能承担刑事责任。这通常发生在占用永久基本农田或严重违反土地利用总体规划的情况下。

三、未备案设施农用地的处理方式

1. 调查核实：相关部门（如自然资源主管部门、农业农村主管部门）会对未备案的设施农用地进行详细调查，包括使用主体、用途、建设规模及是否符合相关规划等。

2. 立即停止使用与整改：在调查期间或发现违规情况时，相关部门可能会要求立即停止使用该地块，并进行必要的整改，以防止进一步损害土地和环境。

3. 补办备案手续：若设施农用地符合相关规定但仅未备案，用地主体需在限期内补办备案手续，并可能需补缴相关费用。补办备案手续时，用地主体需向当地农业部门或土地管理部门提交申请，并提供设施建设方案、用地协议、土地复垦方案等必要资料。

4. 区分情形处理：

   • 部分不符合规定但可整改：如超面积使用或建设布局不合理，但项目本身符合农业生产要求，用地主体需对超出部分或布局进行调整，使其合规后补办备案。
   • 严重不符合规定：若占用永久基本农田或不符合土地利用总体规划且无法整改，通常会面临拆除建筑物、恢复土地原状及可能的罚款等行政处罚。

四、建议与措施

1. 及时补办备案手续：若您的设施农用地已经乡镇审批但未备案，建议您立即采取补救措施，向当地农业部门或土地管理部门提交申请，补办备案手续。

2. 加强管理与监管：在补办备案手续的同时，您应建立完善的土地使用和管理制度，定期进行自查和整改，确保设施农用地按照备案内容和规定使用。

3. 咨询专业律师：虽然在此我作为专业律师已经给出了详细的分析和建议，但每个案件的具体情况都有所不同。如果您在补办备案手续或处理未备案设施农用地过程中遇到任何法律问题，欢迎直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供针对性的法律建议。

综上所述，设施农用地乡镇审批但未备案通常会被视为违法行为，可能面临行政处罚甚至刑事责任。因此，建议您及时补办备案手续，并加强土地使用和管理。如有任何法律问题，请随时向我咨询。