结论：针对您林地与耕地置换后只手写协议、未变更林权证，现在对方否认置换的情况，您可以通过收集证据证明置换事实、尝试协商解决、寻求第三方调解或提起诉讼等途径来维护自己的权益。

分析说明：

1. 证据收集与证明置换事实：

   • 尽管您与对方只有手写协议，但这份协议是证明双方置换意愿和事实的关键证据。请务必妥善保管，并尽可能收集其他相关证据，如证人证言、交易记录、照片或视频等，以进一步证明置换行为的发生。
   • 如果可能，您可以尝试找到当时在场或了解情况的证人，并请他们出具书面证言或出庭作证。

2. 协商解决：

   • 在收集到足够证据后，您可以尝试与对方进行协商，明确表达您的诉求和置换事实，看是否能够达成和解协议。
   • 协商过程中，您可以提出合理的解决方案，如重新签订书面协议、办理林权证变更手续等，以消除对方的疑虑和顾虑。

3. 第三方调解：

   • 如果协商无果，您可以考虑寻求第三方调解机构的帮助，如农村土地承包仲裁委员会或人民调解委员会等。
   • 这些机构具有专业的调解能力和经验，可以帮助您与对方进行沟通协商，寻找双方都能接受的解决方案。

4. 提起诉讼：

   • 如果协商和调解均无法解决问题，您可以考虑向人民法院提起诉讼，要求确认置换协议的效力并办理林权证变更手续。
   • 在提起诉讼前，请务必准备好所有相关证据和材料，并咨询专业律师的意见，以确保您的诉求能够得到法院的支持。

法律后果与风险提示：

• 如果法院最终认定置换协议有效，那么对方将需要履行协议义务，配合您办理林权证变更手续。
• 如果法院认定置换协议无效或存在其他问题，那么您可能需要承担一定的法律责任和风险，如返还已置换的土地、赔偿对方损失等。
• 因此，在提起诉讼前，请务必充分评估风险，并咨询专业律师的意见，以制定合理的诉讼策略。

行动建议：

• 首先，尽快收集并整理所有相关证据和材料，包括手写协议、证人证言、交易记录等。
• 其次，尝试与对方进行协商或寻求第三方调解机构的帮助，看是否能够达成和解协议。
• 如果协商和调解均无法解决问题，那么请咨询专业律师的意见，并考虑向人民法院提起诉讼。

在整个过程中，如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。