结论：公司发放的两次未说明明目的款项，在解除劳动合同时，有可能被算入工资平均数，但具体是否计入，需结合款项性质、发放时间、劳动合同及公司规章制度等因素综合判断。以下从不同角度详细分析：

一、款项性质是关键

1. 若款项属于工资性收入：

   • 根据《关于工资总额组成的规定》第四条，工资总额包括计时工资、计件工资、奖金、津贴和补贴、加班加点工资以及特殊情况下支付的工资。若公司发放的两次款项属于上述范畴，如奖金、津贴等，即使未明确说明，也应计入工资总额，进而在计算解除劳动合同的平均工资时予以考虑。

2. 若款项不属于工资性收入：

   • 若款项属于福利、报销、借款或其他非工资性收入，如节日慰问金、交通补贴（若以报销形式发放）、员工借款等，则通常不计入工资总额，也不纳入解除劳动合同的平均工资计算范围。

二、发放时间与劳动合同解除时间的关系

• 若款项在劳动合同解除前12个月内发放：

  • 根据《劳动合同法》第四十七条，经济补偿按劳动者在本单位工作的年限，以每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。这里的“月工资”是指劳动者在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资。因此，若两次款项在此期间发放，且属于工资性收入，则应计入平均工资。

• 若款项发放时间早于劳动合同解除前12个月：

  • 则该款项通常不计入解除劳动合同时的平均工资计算范围。

三、劳动合同及公司规章制度的规定

• 劳动合同约定：

  • 若劳动合同中明确约定了工资构成及发放方式，包括各类奖金、津贴的发放条件和标准，则应按照合同约定执行。若两次款项符合合同约定的工资性收入条件，则应计入平均工资。

• 公司规章制度：

  • 若公司规章制度中规定了工资构成及发放方式，且该制度经过民主程序制定并公示，对劳动者具有约束力。若两次款项符合规章制度中的工资性收入条件，同样应计入平均工资。

四、实际操作建议

1. 收集证据：

   • 劳动者应收集与两次款项相关的证据，如银行转账记录、公司通知、同事证言等，以证明款项的性质和发放时间。

2. 与公司协商：

   • 在解除劳动合同时，劳动者可与公司就平均工资的计算方式进行协商，明确两次款项是否计入及计入方式。

3. 申请劳动仲裁或提起诉讼：

   • 若协商无果，劳动者可向劳动仲裁机构申请仲裁或向人民法院提起诉讼，要求确认两次款项是否应计入平均工资，并据此计算经济补偿。

示例说明：

假设劳动者在公司工作3年，劳动合同解除前12个月内，公司发放了两次未说明明目的的款项，每次5000元。若经查证，这两次款项属于年终奖性质，属于工资性收入，则应计入平均工资。假设劳动者解除劳动合同前12个月的总工资（包括这两次款项）为72000元，则平均工资为6000元/月。根据《劳动合同法》第四十七条，公司应支付劳动者3个月的经济补偿，即18000元。

总结与建议：

公司发放的两次未说明明目的的款项是否计入解除劳动合同的平均工资，需结合款项性质、发放时间、劳动合同及公司规章制度等因素综合判断。劳动者在遇到此类情况时，应积极收集证据，与公司协商，并在必要时寻求法律帮助。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。