结论：员工替公司签合同，公司不认可的情况下，仲裁条款的效力需分情况讨论，具体如下：

1. 员工有明确授权：

   • 法律背景：根据《中华人民共和国民法典》第一百六十二条：“代理人在代理权限内，以被代理人名义实施的民事法律行为，对被代理人发生效力。” 若员工在签订合同时，持有公司的明确授权，包括书面授权或能够证明公司授权的其他证据，那么员工签订的合同，包括其中的仲裁条款，对公司具有法律约束力。
   • 法律建议：在此情况下，若公司不认可仲裁条款，员工或合同相对方可以依据授权证据，向仲裁机构申请仲裁，公司需承担相应的法律责任。

2. 员工无明确授权但构成表见代理：

   • 法律背景：根据《中华人民共和国民法典》第一百七十二条：“行为人没有代理权、超越代理权或者代理权终止后，仍然实施代理行为，相对人有理由相信行为人有代理权的，代理行为有效。” 若员工虽无明确授权，但因其职位、职责或以往交易习惯等，使合同相对方有理由相信员工有权代表公司签订合同，包括仲裁条款，则可能构成表见代理。
   • 法律建议：在此情况下，若公司不认可仲裁条款，但合同相对方能提供充分证据证明表见代理的存在，仲裁条款仍可能对公司具有约束力。公司若欲否认仲裁条款的效力，需承担举证责任，证明合同相对方在签订合同时不存在合理信赖。

3. 员工无授权且不构成表见代理：

   • 法律背景：若员工既无明确授权，也不构成表见代理，那么员工签订的合同，包括仲裁条款，对公司不具有法律约束力。
   • 法律建议：在此情况下，若公司不认可仲裁条款，且合同相对方无法提供充分证据证明员工有权代表公司签订合同，那么仲裁条款对公司无效。合同相对方若欲通过仲裁解决争议，需与公司另行协商并达成仲裁协议。

进一步思考：

• 在实际操作中，公司应加强对员工签订合同的授权管理，明确授权范围、期限和方式，避免员工无权或越权签订合同。
• 合同相对方在签订合同时，应仔细审查员工的授权文件，确保员工有权代表公司签订合同，包括仲裁条款。
• 若发生争议，双方应首先通过协商解决；协商不成的，可以根据合同约定或法律规定，选择向仲裁机构申请仲裁或向人民法院提起诉讼。

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