如果程序违法的案件已经超过复议时效，确实会面临一些法律程序上的限制，但仍有几种可能的解决路径，以下是具体分析：

1. 直接提起行政诉讼
   根据《行政诉讼法》第四十六条规定，公民、法人或其他组织直接向法院提起诉讼的，应当自知道或应当知道行政行为作出之日起六个月内提出（法律另有规定的除外）。若超过复议期限但仍在诉讼期限内，可直接向法院起诉，要求确认行政行为违法并撤销或变更。关键点：需严格核对诉讼时效起算点（如收到决定书、知道权益受损的具体时间），避免因计算错误丧失诉权。

2. 申请复议机关受理并审查程序违法性
   即使超过复议申请期限，若复议机关认为存在正当理由（如不可抗力、其他正当理由耽误法定申请期限），仍可能受理。此时需重点论证延误的合理性（如突发重病、自然灾害等），并提供证据支持。注意：复议机关对“正当理由”的认定标准较为严格，需结合具体案情准备充分材料。

3. 通过信访或监督程序推动问题解决
   若复议和诉讼途径均已失效，可尝试通过以下方式间接推动问题解决：

   • 向上级行政机关信访：要求上级机关对下级机关的程序违法行为进行监督，督促其自行纠正；
     
   • 申请检察机关监督：若行政行为涉嫌违法且损害公共利益，可向检察机关申请行政检察监督，由检察机关提出检察建议或提起公益诉讼；
     
   • 投诉至行政监察部门：针对程序违法中的工作人员失职、渎职行为，向监察委员会投诉，追究相关人员责任。

4. 在后续程序中主张程序违法的“溯及力”
   若程序违法的行政行为是后续其他行政行为（如处罚、许可）的依据，可在对后续行为提起复议或诉讼时，一并主张原行为程序违法，要求法院或复议机关对原行为的合法性进行审查。例如：若某处罚决定基于一个程序违法的调查程序作出，可在对处罚决定起诉时，要求法院否定调查程序的效力，进而撤销处罚决定。

温馨提示：程序违法案件的解决需结合具体案情、时效计算、证据收集等多方面因素综合判断。若您面临此类问题，建议尽快整理相关材料（如行政决定书、复议申请材料、时效计算依据等），以便更精准地分析解决路径。如有进一步疑问，可直接向我提问，我会结合您的具体情况提供详细解答。