在股权代持协议纠纷中，公司是否应被列为被告，需根据纠纷的具体性质、涉及的法律关系以及公司在其中的角色和利益来综合判断。以下是对此问题的详细分析：
一、公司通常不作为被告的情况
合同纠纷限于代持双方：
- 当股权代持纠纷主要围绕代持协议的履行（如隐名股东支付报酬、显名股东代持股权等）产生时，由于公司并非代持协议的直接相对方，通常不被列为被告。此时，诉讼主要在隐名股东与显名股东之间进行。
公司未直接参与纠纷：
- 如果公司并未直接参与到股权代持纠纷中，且纠纷结果对公司无直接影响，那么公司通常不会被列为被告。例如，隐名股东与显名股东之间就股权归属产生争议，但并未涉及公司的协助义务或公司决议的效力等。
二、公司可能作为被告或第三人的情况
公司未履行协助义务：
- 若股权代持需要公司履行特定的协助义务（如办理股权变更登记手续），且公司未履行该义务导致纠纷，公司则可能被列为被告。因为公司的协助行为对于完成股权代持的法定程序至关重要。
公司决议效力争议：
- 在股权代持过程中，如果涉及公司决议（如股东会或董事会决议）的无效或撤销，且该决议与股权代持直接相关，公司应被列为被告。这类纠纷直接针对公司的决议行为，公司的法律地位和责任成为案件的核心问题。
公司利益受损或股东权益受侵害：
- 如果股权代持协议的效力问题或实际执行可能损害公司的资本维持原则、影响公司正常运营或损害公司其他合法权益，公司也可以被列为被告或申请参加诉讼，以维护自身利益。例如，隐名股东滥用公司法人独立地位和股东有限责任，逃避债务，严重损害公司债权人利益时，债权人可能将公司列为被告，同时要求隐名股东承担连带责任。
涉及其他股东的优先购买权：
- 当隐名股东或显名股东向股东以外的人转让股权，且其他股东主张优先购买权时，可能引发纠纷。在此类纠纷中，出让股权的股东（可能是显名股东或隐名股东指定的受让人）通常被列为被告，而公司可能作为第三人参与诉讼，因为案件处理结果可能影响到公司的股权结构和运营。
三、实际操作建议
分析纠纷性质：
- 在处理股权代持协议纠纷时，首先应分析纠纷的具体性质，明确纠纷是源于代持协议的履行、公司的协助义务、公司决议的效力还是其他股东的权益受侵害等。
确定诉讼策略：
- 根据纠纷性质，确定是否将公司列为被告或第三人。如果公司确实与纠纷有直接关联且需要承担法律责任，那么应将其列为被告；如果公司只是间接相关或需要作为第三人提供证据等，那么可以将其列为第三人。
咨询专业律师：
- 股权代持协议纠纷往往涉及复杂的法律关系和利益冲突，因此建议当事人在遇到此类纠纷时，及时向我咨询，我会根据具体情况制定合适的诉讼策略，以确保自身合法权益得到有效维护。
总结来说，股权代持协议纠纷中公司是否被列为被告，需根据纠纷的具体性质、涉及的法律关系以及公司在其中的角色和利益来综合判断。在处理此类纠纷时，应仔细分析案情，准确界定各方当事人的法律地位和责任，以确保诉讼的公正性和有效性。