结论：政府未对被划为二级水源保护区而被关闭的合法生猪养殖场进行补偿，这一行为是否合法，需根据具体情况判断。若养殖场是在政府划定水源保护区之前已合法存在，且因划定保护区而被要求关闭，那么政府应当给予合理补偿；若养殖场是在划定保护区之后新建或扩建，且违反了相关环保规定，则可能无法获得补偿。
分析说明：
合法养殖场因环保政策关闭的补偿问题：
- 根据《中华人民共和国水污染防治法》等相关法律法规，为了保护水源地，政府有权划定水源保护区，并限制或禁止在保护区内进行可能污染水源的活动。
- 如果您的生猪养殖场是在政府划定二级水源保护区之前已经合法存在，并且因划定保护区而被要求关闭或搬迁，那么根据《中华人民共和国民法典》中关于征收与补偿的规定，政府应当给予您合理的经济补偿。这种补偿通常包括因关闭养殖场而造成的直接经济损失，如养殖设施的损失、牲畜的处置费用、预期收益的损失等。
违法养殖场或新建养殖场的补偿问题：
- 如果您的生猪养殖场是在政府划定二级水源保护区之后新建或扩建的，或者您的养殖场虽然存在已久，但一直存在违法排污等行为，那么政府在要求您关闭养殖场时，可能不会给予补偿。
- 在这种情况下，政府的行为是基于环保法规的强制要求，旨在保护公共利益和环境安全。您的养殖场因为违反了相关法规，所以需要自行承担关闭或搬迁的损失。
后续行动建议：
- 核实养殖场合法性：首先，您需要核实自己的生猪养殖场是否在政府划定水源保护区之前已经合法存在，并且是否一直遵守相关环保法规。
- 与政府沟通：如果确认养殖场合法且因环保政策关闭，您可以与当地政府相关部门沟通，了解具体的补偿政策和流程，并提交补偿申请。
- 寻求法律援助：如果与政府沟通无果，或者您对政府的补偿决定有异议，您可以寻求法律援助，通过法律途径维护自己的合法权益。
特殊场景：
- 如果政府在划定水源保护区时未按照法定程序进行公告或听证，导致您未能及时了解相关信息并做出调整，您也可以对此提出异议，并要求政府重新考虑补偿问题。
相关法规：
- 《中华人民共和国水污染防治法》第六十五条：禁止在饮用水水源一级保护区内新建、改建、扩建与供水设施和保护水源无关的建设项目；已建成的与供水设施和保护水源无关的建设项目，由县级以上人民政府责令拆除或者关闭。在饮用水水源二级保护区内新建、改建、扩建排放污染物的建设项目，由县级以上人民政府责令拆除或者关闭。
- 《中华人民共和国民法典》第二百四十三条：为了公共利益的需要，依照法律规定的权限和程序可以征收集体所有的土地和组织、个人的房屋以及其他不动产。征收集体所有的土地，应当依法及时足额支付土地补偿费、安置补助费以及农村村民住宅、其他地上附着物和青苗等的补偿费用，并安排被征地农民的社会保障费用，保障被征地农民的生活，维护被征地农民的合法权益。征收组织、个人的房屋以及其他不动产，应当依法给予征收补偿，维护被征收人的合法权益；征收个人住宅的，还应当保障被征收人的居住条件。
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