工程项目联合体双控银行开户资金是否合法，需视具体情况及资金管理协议内容而定，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：
合法情形
符合法律法规及监管要求：
- 如果工程项目联合体在双控银行开户时，严格遵守了国家关于银行账户管理、资金监管以及工程建设领域的相关法律法规，如《中华人民共和国商业银行法》、《中华人民共和国招标投标法》等，且开户行为得到了相关监管部门的批准或备案，那么这种资金管理方式通常是合法的。
资金管理协议明确且合规：
- 联合体成员之间签订了详细的资金管理协议，明确了资金的使用、监管、分配等事项，且协议内容不违反法律法规的强制性规定，不损害国家、集体或第三人的利益，那么这种双控银行开户资金的管理方式也是合法的。
保障工程顺利进行和资金安全：
- 双控银行开户资金的管理方式有助于保障工程项目的顺利进行和资金的安全使用。通过银行的专业监管，可以确保资金按照工程进度和合同约定进行支付，避免资金挪用或滥用，从而维护联合体成员和工程相关方的合法权益。
非法或存在风险情形
违反法律法规或监管要求：
- 如果工程项目联合体在双控银行开户时，未遵守相关法律法规或监管要求，如未经批准擅自开户、违规使用资金等，那么这种行为就是非法的，可能面临法律制裁和监管处罚。
资金管理协议存在瑕疵或违法内容：
- 如果联合体成员之间签订的资金管理协议存在瑕疵，如条款不明确、内容违法等，或者协议未得到所有成员的认可和签署，那么这种协议可能无效或无法执行，从而导致资金管理方式存在风险。
资金被挪用或滥用：
- 即使双控银行开户资金的管理方式本身合法，但如果在实际操作中，资金被挪用或滥用，如用于非工程相关支出、违规投资等，那么这种行为也是非法的，且可能给联合体成员和工程相关方带来重大损失。
建议
- 完善资金管理协议：联合体成员应签订详细的资金管理协议，明确资金的使用、监管、分配等事项，并确保协议内容合法、合规、明确。
- 加强银行监管：选择信誉良好、监管严格的银行作为开户行，并加强与银行的沟通与合作，确保资金按照工程进度和合同约定进行支付。
- 定期审计和检查：定期对双控银行开户资金的使用情况进行审计和检查，确保资金安全、合规使用，并及时发现和纠正存在的问题。
若您对工程项目联合体双控银行开户资金的具体操作或法律风险有进一步疑问，可以直接向我咨询。