联合体投标中，两家有控股关系的公司参与是否合法，需分情况讨论：

1. 法律法规层面：

   • 根据《中华人民共和国招标投标法》及相关实施条例，并未直接禁止具有控股关系的公司组成联合体参与投标。但关键在于，这种控股关系是否会导致联合体在投标过程中存在不公平竞争或利益冲突的情形。
   • 如果控股关系并未影响联合体的独立性和公正性，且联合体各方均具备承担招标项目的能力，那么这种联合体投标是合法的。

2. 实际操作层面：

   • 招标文件要求：首先需仔细审查招标文件，看其中是否对联合体成员间的关系有明确限制。有些招标项目可能出于公平竞争或项目执行效率的考虑，会明确禁止具有特定关系（如控股关系）的公司组成联合体投标。
   • 利益冲突审查：即使法律法规未明确禁止，如果两家有控股关系的公司在投标过程中存在利益冲突，如通过联合体形式进行价格操纵、围标等不正当行为，那么这种投标行为将被视为违法。
   • 透明度与公正性：联合体各方应确保投标过程的透明度和公正性，避免因控股关系而产生的内部信息泄露或利益输送等问题。

3. 风险防控建议：

   • 事先审查：在决定组成联合体投标前，应仔细审查招标文件及相关法律法规，确保联合体成员间的关系符合规定。
   • 明确分工：联合体各方应明确各自在项目中的职责和分工，避免因职责不清而产生的纠纷。
   • 签订协议：联合体各方应签订详细的联合体协议，明确各方的权利、义务和责任，以及利益分配机制等。
   • 合规培训：对联合体成员进行合规培训，确保其在投标和项目执行过程中遵守相关法律法规和招标文件的要求。

总结来说，两家有控股关系的公司组成联合体投标并不必然违法，但需根据具体情况进行审查。如果控股关系不影响联合体的独立性和公正性，且符合招标文件和相关法律法规的要求，那么这种投标行为是合法的。然而，为了降低风险，联合体各方应在投标前进行充分的审查和准备，确保投标过程的合法性和合规性。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。